آیت الله شاهرودی  سابقه مبارزه با رژیم بعث عراق و تشکیل مجلس اعلای عراق و برگزاری کنفرانس جنایات صدام در ایران نقش موثری داشت. به همین جهت رژیم بعث همواره در پی ضربه زدن به آیت‌الله شاهرودی و خانواده او بود. در بخشی از پیام رهبر انقلاب به شهادت سه برادر آیت الله هاشمی شاهرودی اشاره شده است.

 با پیروزی انقلاب اسلامی، تظاهرات گسترده‌ای در شهرهای عراق خصوصاً در نجف اشرف در تأیید انقلاب اسلامی و رهبری امام خمینی برگزار شد.  رژیم صدام و مأموران امنیتی آن  جست‌وجوی گسترده‌ای را برای دستگیری علمای مبارز نجف از جمله مرحوم هاشمی شاهرودی  آغاز کردند. وی با درخواست شهید صدر از عراق خارج شد و پس از رفتن به کویت، از آنجا به ایران مهاجرت کرد. در پی ناکامی دستگاه‌های امنیتی از دستگیری وی، رژیم صدام سه برادر وی را دستگیر و اعدام کرد و حتی پیکر آنها نیز به دست خانواده‌شان نرسید.

«سید مصطفی هاشمی شاهرودی» یکی از سه برادر شهیدی است که در سال 1335 در نجف اشرف به دنیا آمد و تحصیلات ابتدایی و راهنمایی را در مدرسه امام علی (ع) و دوره دبیرستان را در مدرسه کندی نجف اشرف به پایان برد و سپس وارد دانشکده دامپزشکی دانشگاه بغداد شد.

وی همه مراحل تحصیلی خود را با رتبه عالی طی کرد و به دلیل اخلاق عالی و ذکاوت فوق‌العاده تاثیر شگرفی بین جوانان داشت.

این شهید که به شخصیت امام خمینی (ره) علاقه فراوانی داشت پس از پیروزی انقلاب اسلامی برای ترویج و دفاع از انقلاب اسلامی از هر فرصتی برای توزیع آثار، تصاویر و نوارهای سخنرانی امام (ره) استفاده می‌کرد.

شهید شاهرودی که توسط نیروهای بعثی عراق دستگیر شده بود مورد شکنجه قرار گرفت و پس از انتقال به زندان در سال 1980 میلادی توسط گروهی از افسران سازمان امنیت به سرپرستی «سروان غالب دوری» به نقطه نامعلومی منتقل شد و از آن تاریخ تاکنون با وجود سقوط رژیم بعث عراق هیچ خبری از او به دست نیامده است.

«سید هادی هاشمی شاهرودی» نیز دیگر برادر آیت الله شاهرودی است که به دست رژیم بعث به شهادت رسید.

وی متولد 1322 شمسی در نجف اشرف است که پس از پایان تحصیلات ابتدایی تا دبیرستان در مدرسه علوی نجف در دانشکده اصول‌الدین بغداد تحصیلات خود را به پایان رساند.

این شهید به چهار زبان زنده دنیا تسلط داشت. شهید هادی هاشمی شاهرودی در سال 1980 با هجوم وحشیانه رژیم بعث و دستگیری‌های گسترده مردم عراق در محل کارش در بغداد دستگیر و به اداره کل امنیت برده شد.

وی توسط «سعدون صبری» و «رائد عامر» مورد شکنجه‌های وحشیانه جسمی و روحی قرار گرفت و به شهادت رسید که از روز دستگیری او تا امروز هیچ اثری از او به دست نیامده است.

شهید «سید محسن هاشمی شاهرودی» نیز در سال 1328 شمسی در نجف اشرف دیده به جهان گشود. وی پس از تحصیل در مدرسه علوی در دانشکده فقه در نجف اشرف تحصیلات خود را به پایان رساند. سید محسن پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران و تظاهرات مردم عراق به دعوت شهید صدر و جمعی از علما و طلاب حوزه نجف به حمایت و پشتیبانی انقلاب پرداخت.

وی پس از دستگیری شهید صدر و جمعی از علما و طلاب و جوانان عراق، در یورشی وحشیانه در محل کارش در بغداد دستگیر شد. محسن هاشمی شاهرودی زیر شکنجه‌های وحشیانه جنایتکاران بعثی به شهادت رسید ولی اثری از پیکر پاک این شهید نیز مانند دو برادر شهیدش تاکنون پیدا نشده است.