به گزارش شهدای ایران به نقل از مشرق، امام خمینی(ره) همراه فرزندشان حاج آقا مصطفى در روز 13مهر ماه 1344 از ترکیه به تبعیدگاه دوم یعنى کشور عراق، اعزام شدند.

این تبعید به دلیل فشارهاى مداوم جامعه مذهبى و حوزه هاى علمیه داخل و خارج و تظاهرات دانشجویان مسلمان خارج کشور براى آزادى امام، تلاش رژیم شاه براى عادى جلوه دادن اوضاع و اقتدار و ثبات خویش به منظور جلب حمایت بیشتر آمریکا، مشکلات امنیتى و روانى دولت ترکیه و افزایش فشارهاى داخلى جامعه مذهبى ترکیه و از همه مهم‌تر تصور رژیم شاه از اینکه فضاى ساکت و سیاست‏ستیز آن ایام در حوزه نجف و وضعیت رژیم حاکم بر بغداد خود مانعى بزرگ براى محدود کردن فعالیت‌هاى امام خمینى خواهد بود.

امام خمینى(ره)پس از ورود به بغداد براى زیارت مرقد ائمه اطهار(ع) به شهرهاى کاظمین، سامرا و کربلا شتافت و یک هفته بعد به محل اصلى اقامت خود یعنى نجف عزیمت کرد، استقبال پر شور طلاب و مردم از ایشان در شهرهاى مذکور، خود بیانگر آن بود که برخلاف تصور رژیم شاه پیام نهضت 15 خرداد در عراق و نجف نیز هوادارانى یافته است.

دوران اقامت طولانى و 13ساله امام خمینى در نجف در شرایطى آغاز شد که هر چند در ظاهر فشارها و محدودیت‌هاى مستقیم در حد ایران و ترکیه وجود نداشت، اما مخالفت‌ها و کارشکنی‌ها و زخم‏زبان‌ها نه از جبهه دشمن رویارو بلکه از ناحیه روحانی نمایان و  دنیاخواهانِ مخفى‏شده در لباس دین آنچنان گسترده و آزار دهنده بود که امام با همه صبر و بردبارى معروفش بارها از سختى شرایط مبارزه در این سال‌ها به تلخى تمام یاد کرده است، ولى هیچ یک از این مصایب و دشواری‌ها نتوانست او را از مسیرى که آگاهانه انتخاب کرده بود باز دارد. 

هنگامی که امام(ره)در نجف اشرف ساکن بود، هر روز قبل از ظهرها برای درس در مسجد شیخ انصاری حاضر می‌شدند و مرحوم حاج آقا مصطفی تا قبل از اذان در بیرونی منزل امام(ره) می‌نشستند و پاسخگوی مراجعین بودند، خود امام نیز 2ساعت و نیم بعد از غروب آفتاب پاسخگو بودند.

ایشان نماز مغرب و عشاء را در بیرونی خانه خود می‌خواندند و ساعت 10 شب امام به زیارت حرم امیر‌المؤمنین(ع) می‌رفتند و این برنامه امام در تمام طول 13 سالی بود که در نجف مقیم بودند.