حواشی عجیب این انتخابات باعث شد چند نامزد اصلی فردای روز انتخابات از دور دوم انصراف دهند. بیژن مقدم مدیرمسئول سایت الف در نامهای علاوه بر انصراف از این رقابت خطاب به وزارت ارشاد نوشت: «مسئولان محترم برگزار کننده انتخابات بویژه وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی نباید از کنار برخی شائبههای مطرح شده عبور کنند. چرا که بی اعتنایی آنها به بی اعتباری انتخابات مربوط به فرهیختهترین اقشار جامعه میانجامد.» این کنایه گذرا درباره این انتخابات اما در نامه انصراف مهدی رحمانیان مدیر مسئول روزنامه شرق به صورت گسترده مطرح شد. وی در نامه خود با اشاره به برخی فرایندها در نقش ارشاد به نفع یک نامزد خاص نوشت: «هدایت کردن انتخابات به سوی یک نامزد خاص مورد حمایت ارکان وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، در دولتی که با شعار انتخابات قانونمند و آزادیهای قانونی و دخالت نکردن در امور شهروندان بر سر کار آمده است، قصه پرغصهای است که در سال پایانی عمر آن، دردناکتر نیز جلوه میکند.» رحمانیان در ادامه به برخی اقدامات شائبه برانگیز هم اشاره کرده است: «شنیدهها حاکی از ان است که در فرایند این انتخابات ابتدا از سوی دبیر خانه هیئت نظارت مستقر در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به تعدادی از رسانهها اعلام شده به دلیل عدم انتشار نامنظم نشریات مکتوب و بی نظمی در بهروزرسانیهای مشخص در رسانههای بر خط، مدیران مسئول آنها حق رأی نخواهند داشت. اما در آستانه انتخابات به آنها اعلام شد مشکل انتشار نامنظم آنان را حل خواهند کرد و حق رأی نیز به آنها داده خواهد شد در صورتی که به کاندیدای مورد نظر آنها رأی بدهند. همچنین گفته شده است در پی این پیشنهاد کارکنان وزارت ارشاد و دبیر خانه هیئت نظارت نیز در گفتوگو با برخی مدیران مسئول، به طور غیر مستقیم خواستار رأی دادن به نامزدی خاص شدهاند»
یکی از نکات مبهم این انتخابات مشخص شدن آرا نامزدها در سامانه رأی گیری بوده است که رحمانیان درباره آن مدعی است: «سامانه اخذ آرا نیز همچنان ساز و کار بسیار مبهمی دارد. گفته میشود در این سامانه، بر خلاف اصول اولیۀ رأی گیری معلوم میشود چه کسی به کدام نامزد رأی داده است. در ساعات پایانی رأیگیری با توجه به مشخص بودن تعداد آرای کاندیدای مد نظر دبیرخانه، با برخی مدیران مسئول تماس گرفته شده و از آنان درخواست شده چون نامزد مذکور فقط چند رأی تا به حد نصاب رسیدن نیاز دارد، از این فرصت استفاده کرده و آرای خود را به نام وی ثبت کنند تا کار در همین مرحله اول تمام شود! اگر این موضوع صحت داشته باشد باید گفت انتخابات از معنا تهی شده است. در عین حال تخلفاتی نظیر ثبت چند ده رأی با یک آی پی که نشان از تجمیع آرا به سود یک فرد دارد و همینطوردادن شماره تلفن مدیران مسئول رسانهها به یک نامزد در جای خود مایه شگفتی و تأسف است.»
اعتراضات به این انتخابات مختص به این دو نامزد نبود چرا که حسن کربلایی دیگر شرکت کننده در دور اول هم با انتشار بیانیه انصراف خود را اعلام کرد. وی هم در بخشی از بیانیهاش این طور نوشت: «اهمیت هیأت نظارت و میزان تأثیر آن در سلامت و ارتقای جایگاه مطبوعات و رسانهها بر کسی پوشیده نیست. ناظر بر همین اهمیت؛ خواهان شرکت در انتخابات هیأت نظارت بودم. اما وقتی شائبهها و شبهاتی درباره سلامت نوع جلب آرا وجود دارد؛ ترجیح میدهم جزئی از یک رقابت غیرعادلانه نباشم! امیدوارم مسئولان امر به ویژه سازمانهای نظارتی و امنیتی و علیالخصوص مدیریت ارشد وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی بر آنچه روی داد؛ نظری افکنند.»
علاوه بر انصرافهای انفرادی روز گذشته تعدادی از اصناف رسانهای هم در نامه خطاب به وزیر ارشاد خواستار اصلاح روند انتخابات در دور دوم شدند. انجمن صنفی مدیران روزنامههای غیر دولتی، تعاونی اصحاب رسانه انجمن صنفی مدیران نشریات ایران و انجمن صنفی رسانههای تخصصی کشاورزی وصنایع غذایی کشور درنامهای خطاب به سیدعباس صالحی وزیر ارشادنوشتند: «در این دوره از انتخابات این امید وجود داشت که بالاخره پس از هشت دوره (یعنی شانزده سال)،طلسم نمایندگی مدیران مسئول توسط یک مدیر دولتی شکسته شود و یکی ازمدیران رسانهها در انتخاباتی سالم و عادلانه، با رأی اهالی این صنف برگزیده و راهی هیأت محترم نظارت شود. در همین راستا تشکلهای فعال در این بخش و مدیران مسئول مطبوعات و رسانهها با شور و شوق و امیدواری به تغییر، وارد این رقابت انتخاباتی شدند و بسیاری نیز خود را شایسته این نمایندگی دانسته و کاندیدای این مسئولیت خطیر شدند. اما در کمال ناباوری برخی گزارشها و اخبار از فرآیند انتخابات، موجب ایجاد شائبهها و نگرانیهایی در سلامت این رویداد شد. زیرا وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و دبیرخانه هیأت نظارت به عنوان نهاد مجری که میبایست مطابق با مقررات عمل کرده و بطور کامل اصل بی طرفی را رعایت کند متأسفانه مقررات و اصل بی طرفی را رعایت نکرده است.»
این اصناف با برشمردن شایبههای این انتخابات خواستار این شدند که وزیر ارشاد به این مسپله ورود کنند و در انتها نیز تهدید کردنددر صورت اصلاح نشدند این روند از حضور در دومین دور انتخابات انصراف خواهند داد.
تا لحظه تنظیم این گزارش معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد تاکنون واکنشی به این حواشی و اعتراضات نداشته و سکوت اختیار کرده و فقط نسبت به انتشار گزارش وضعیت انتخابات در دور اول اقدام کرده است. مرحله دوم انتخاب مدیران مسئول در هیأت نظارت بر مطبوعات هفته اینده ۴ آذر ماه برگزار خواهد شد.