با توجه به این‌که هدف ارتش در آن هنگام تشکیل یک پایگاه کماندویی در ایران بود و شهید صفا نیز در رشته‌های مختلف ورزشی از جمله کاراته و کونگ‌فو مهارت ویژه‌ای داشت، پس از پشت سر گذاشتن دوره‌های انتخابی در ایران، برای تکمیل دوره‌های تخصصی کماندویی در پایگاه کماندویی رویال مارین انگلستان – معروف به "پایگاه موش‌های صحرا" انتخاب شد.

محمدعلی به مدت یک سال، دوره کماندویی را در انگلستان گذراند و توانست علاوه بر دوره‌های تخصصی تارزان کورس، پریدن از ارتفاع‌های بلند آبشار و کوه و دوره‌های رزمی، مدرک تخصصی "S. P. S" شکار تانک را نیز از پایگاه مورد اشاره دریافت کند.

شهید صفا سپس به ایالات متحده فرستاده شد و موفق شد در پایگاه جان. اف. کندی پس از طی مراحل آموزشی سخت و طاقت‌فرسا، مدرک تخصصی انهدام ناوهای جنگی را هم از آمریکا کسب کند.

محمدعلی از جمله کسانی بود که به‌واسطه انجام عملیات‌های عالی و بی‌نظیرش در پایگاه‌های کماندویی، برای دوره‌های کماندویی در جنگل‌های آمازون که به "زندگی در شرایط سخت" معروف است انتخاب شده بود.

در روز سی و یکم شهریورماه سال ۱۳۵۹، ارتش بعث عراق به ظرفیت ۲ لشگر تانک و با تمام تجهیزات، ناجوانمردانه به مرزهای نظام نوپای جمهوری اسلامی ایران تجاوز کرد و نیمی از خرمشهر را به اشغال خود درآورد.

پای‌مردی دلاوران کماندوهای نیروی دریایی ارتش جان‌برکف ما و افراد محلی و دیگر نیروها ادامه داشت تا بر اثر خیانت بنی‌صدر که معتقد بود ارتش ایران بایستی عقب‌نشینی کند تا مذاکرات صلح آغاز شود هیچ سلاح و مهماتی در اختیار کماندو‌ها قرار نگرفت و سرانجام با وجود مقاومت‌های بسیار کماندوهای نیروی دریایی ارتش و پس از انهدام صد‌ها تانک و تار و مار نمودن لشکر تجاوزکار عراق، محمدعلی صفا در تاریخ دوازدهم مهرماه سال ۱۳۵۹ هجری شمسی در پی وقوع انفجار خمپاره و اصابت ترکش به ناحیه پیشانی، پا و پهلو در سن سی و یک سالگی به درجه رفیع شهادت نائل آمد.