نیمه دوم سال ۷۵ که جنابعالی کاندیدای ریاست جمهوری شدید، ایشان به صراحت اعلام خطر کردند و احتمال دادند که مشروطه دوباره تکرار شود. من هنوز سخنرانی شب قدر آن سال را به خاطر دارم که حضرت آیت‌الله مردم را با حرارت هر چه تمام خطاب قرار داده بودند که چرا ساکت نشسته‌اید مگر نمی‌بینید ولایت را زیر سوال می‌برند!؟
شهدای ایران: فارغ التحصیلان دانشگاه امام صادق علیه‌السلام در پاسخ به دعای خاتمی برای سلامتی آیت الله مهدوی‌کنی نامه‌ای به وی نوشته‌اند که در ادامه می‌آید:
جناب آقای سید محمد خاتمی
با سلام خبر ابراز هم‌دردی حضرتعالی در غم بیماری پدر را رویت کردم. لازم می‌دانم از دعای شما برای سلامتی ایشان تشکر کنم. سال‌ها بهره‌گیری از محضر درس و رفتار حضرت آیت‌الله مهدوی کنی به همه فرزندان معنوی ایشان اموخته است که هم احترام شما را -که از سلسله سادات و روحانیت و دارای سوابق طولانی در نظام اسلامی هستید- و هم مرز خود را باشما -که طرز تفکرتان و اطرافیانتان و در سال‌های اخیر رفتارتان با نظام فاصله دارد- حفظ کنیم. ما پیش از این در نحوه مواجهه با جریان نهضت آزادی خصوصاً مرحوم بازرگان و سحابی و همچنین جریان متحجر و مخالف با نهضت اسلامی در حوزه‌های قم و نجف هم از حضرت آیت‌الله احترام و مرزبندی را آموخته‌ایم. بنا بر آنچه خبرگزاری‌ها منتشر کرده‌اند در بیان خدمات حضرت آیت‌الله از ایجاد دانشگاه امام صادق(ع) هم یاد کرده بودید: «در سال هزاران نفر از جوانان ما را در رشته‌های مختلف تربیت می‌کند، ایشان برای تحقق این امر واقعا همت کردند از اول هم بیش از اینکه به امور سیاسی بپردازند به این کار بزرگ فرهنگی پرداختند.»
هرچند دربیان آمار اغراق کرده‌اید چراکه دانشگاه امام صادق سالیانه حدود ۱۵۰ فارغ‌التحصیل دارد و جمع کل دانشجویان دانشگاه حدود هزار نفر است اما این عدد به ظاهر کم تایید بخش دوم فرمایشات حضرتعالی است که حضرت آیت‌الله برای تربیت فرزندان خود واقعا همت کرده‌اند و بیش از اینکه به امور سیاسی بپردازند، به این کار بزرگ فرهنگی پرداخته‌اند. کار فرهنگی که از مقام نخست‌وزیری هم که بالاترین مقام اجرایی کشور در آن زمان بوده است برای حضرت آیت‌الله جداب‌تر و مهم‌تر بوده است.
در طول بیست سالی که افتخار شاگردی و آشنایی حضرت آیت‌الله را داشته‌ام تنها در دو مقطع ایشان حضور جدی و وقت‌گیر را در صحنه سیاسی ضروری احساس کردند. یک مقطع از نیمه دوم سال ۷۵ بود که جنابعالی کاندیدای ریاست جمهوری شدید و ایشان به صراحت اعلام خطر کردند و احتمال دادند که مشروطه دوباره تکرار شود. برای ما فرزندان کم‌تجربه سیاسی ایشان هم خیلی عجیب بود که چه شده است که پدر ما که به صراحت می‌گوید انتخاب آقای ناطق نوری انتخاب بین بد و بدتر است حال خود از این شهر به آن شهر می‌رود تا درباره خطر تکرار مشروطه مردم را بیدار کند. من هنوز سخنرانی شب قدر آن سال را به خاطر دارم که حضرت آیت‌الله مردم را با حرارت هر چه تمام خطاب قرار داده بودند که چرا ساکت نشسته‌اید مگر نمی‌بینید ولایت را زیر سوال می‌برند!؟
به خاطر دارم در همین مقطع ایشان از ادب شما تعریف می‌کردند و تاکید داشتند که به نیت شما هم کاری ندارند و قضاوتی نمی‌کنند. آنچه ایشان از آن احساس خطر می‌کردند، افکار شما و جریان اطراف شما بود. ضمناً این را هم عرض کنم که از تعریف و تمجیدهای شما از دانشگاه امام صادق تعجب کردم چرا که به خاطر دارم حضرت آیت‌الله از نحوه مواجهه شما با فارغ‌التحصیلان دانشگاه در زمان مسولیت شما در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی گله‌مند بودند. به خاطر دارم روزی ایشان از گفتگوی خودشان با شما خاطره می‌گفتند که از شما خواسته‌اند از فارغ‌التحصیلان دانشگاه امام صادق در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی استفاده کنید و شما این مهم را جدی نگرفته‌اید. اما مقطع دومی که حضرت آیت‌الله فعالیت سیاسی را ضروری حس کردند پذیرش ریاست مجلس خبرگان پس از فتنه بود. آیت‌اللهی که تا کنون در انتخابات خبرگان کاندیدا نمی‌شد، حالا ریاست خبرگان را قبول کرده است و چه کسی می‌توانست تصور کند که می‌توان حضرت آقای هاشمی رفسنجانی را این چنین محترمانه از صندلی ریاست خبرگان به صحن مجلس هدایت کرد.
بنا بر آنچه خبرگزاری‌ها منتشر کرده اند، جنابعالی در حاشیه دعا برای سلامتی حضرت آیت‌الله از حفظ جمهوری اسلامی و تقویت آن گفته و تاکید کرده‌اید: «اگر احساس کنیم انحرافی در آن ایجاد شده است باید با تذکر دادن، پیشنهاد اصلاحی دادن و جلو رفتن به سوی هدف‌هایی که در انقلاب ما بود از این میراث ارزشمند دفاع کنیم». از اینکه دیگر سخنی از «کف خیابان» نیست، خوشحالم و امیدوارم در عمل هم مردم را مقابل هم قرار ندهید. خدا کند با فاصله‌گیری از رفتار خود در قشون‌کشی در کف خیابان احترام ما به شما براساس درس‌های حضرت آیت‌الله بیشتر شود و مرزبندی ما با شما به حد نظر و سلیقه تقلیل یابد.
جناب آقای سید محمد خاتمی
با سلام خبر ابراز هم‌دردی حضرتعالی در غم بیماری پدر را رویت کردم. لازم می‌دانم از دعای شما برای سلامتی ایشان تشکر کنم. سال‌ها بهره‌گیری از محضر درس و رفتار حضرت آیت‌الله مهدوی کنی به همه فرزندان معنوی ایشان اموخته است که هم احترام شما را -که از سلسله سادات و روحانیت و دارای سوابق طولانی در نظام اسلامی هستید- و هم مرز خود را باشما -که طرز تفکرتان و اطرافیانتان و در سال‌های اخیر رفتارتان با نظام فاصله دارد- حفظ کنیم. ما پیش از این در نحوه مواجهه با جریان نهضت آزادی خصوصاً مرحوم بازرگان و سحابی و همچنین جریان متحجر و مخالف با نهضت اسلامی در حوزه‌های قم و نجف هم از حضرت آیت‌الله احترام و مرزبندی را آموخته‌ایم. بنا بر آنچه خبرگزاری‌ها منتشر کرده‌اند در بیان خدمات حضرت آیت‌الله از ایجاد دانشگاه امام صادق(ع) هم یاد کرده بودید: «در سال هزاران نفر از جوانان ما را در رشته‌های مختلف تربیت می‌کند، ایشان برای تحقق این امر واقعا همت کردند از اول هم بیش از اینکه به امور سیاسی بپردازند به این کار بزرگ فرهنگی پرداختند.»
هرچند دربیان آمار اغراق کرده‌اید چراکه دانشگاه امام صادق سالیانه حدود ۱۵۰ فارغ‌التحصیل دارد و جمع کل دانشجویان دانشگاه حدود هزار نفر است اما این عدد به ظاهر کم تایید بخش دوم فرمایشات حضرتعالی است که حضرت آیت‌الله برای تربیت فرزندان خود واقعا همت کرده‌اند و بیش از اینکه به امور سیاسی بپردازند، به این کار بزرگ فرهنگی پرداخته‌اند. کار فرهنگی که از مقام نخست‌وزیری هم که بالاترین مقام اجرایی کشور در آن زمان بوده است برای حضرت آیت‌الله جداب‌تر و مهم‌تر بوده است.
در طول بیست سالی که افتخار شاگردی و آشنایی حضرت آیت‌الله را داشته‌ام تنها در دو مقطع ایشان حضور جدی و وقت‌گیر را در صحنه سیاسی ضروری احساس کردند. یک مقطع از نیمه دوم سال ۷۵ بود که جنابعالی کاندیدای ریاست جمهوری شدید و ایشان به صراحت اعلام خطر کردند و احتمال دادند که مشروطه دوباره تکرار شود. برای ما فرزندان کم‌تجربه سیاسی ایشان هم خیلی عجیب بود که چه شده است که پدر ما که به صراحت می‌گوید انتخاب آقای ناطق نوری انتخاب بین بد و بدتر است حال خود از این شهر به آن شهر می‌رود تا درباره خطر تکرار مشروطه مردم را بیدار کند. من هنوز سخنرانی شب قدر آن سال را به خاطر دارم که حضرت آیت‌الله مردم را با حرارت هر چه تمام خطاب قرار داده بودند که چرا ساکت نشسته‌اید مگر نمی‌بینید ولایت را زیر سوال می‌برند!؟
به خاطر دارم در همین مقطع ایشان از ادب شما تعریف می‌کردند و تاکید داشتند که به نیت شما هم کاری ندارند و قضاوتی نمی‌کنند. آنچه ایشان از آن احساس خطر می‌کردند، افکار شما و جریان اطراف شما بود. ضمناً این را هم عرض کنم که از تعریف و تمجیدهای شما از دانشگاه امام صادق تعجب کردم چرا که به خاطر دارم حضرت آیت‌الله از نحوه مواجهه شما با فارغ‌التحصیلان دانشگاه در زمان مسولیت شما در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی گله‌مند بودند. به خاطر دارم روزی ایشان از گفتگوی خودشان با شما خاطره می‌گفتند که از شما خواسته‌اند از فارغ‌التحصیلان دانشگاه امام صادق در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی استفاده کنید و شما این مهم را جدی نگرفته‌اید. اما مقطع دومی که حضرت آیت‌الله فعالیت سیاسی را ضروری حس کردند پذیرش ریاست مجلس خبرگان پس از فتنه بود. آیت‌اللهی که تا کنون در انتخابات خبرگان کاندیدا نمی‌شد، حالا ریاست خبرگان را قبول کرده است و چه کسی می‌توانست تصور کند که می‌توان حضرت آقای هاشمی رفسنجانی را این چنین محترمانه از صندلی ریاست خبرگان به صحن مجلس هدایت کرد.
بنا بر آنچه خبرگزاری‌ها منتشر کرده اند، جنابعالی در حاشیه دعا برای سلامتی حضرت آیت‌الله از حفظ جمهوری اسلامی و تقویت آن گفته و تاکید کرده‌اید: «اگر احساس کنیم انحرافی در آن ایجاد شده است باید با تذکر دادن، پیشنهاد اصلاحی دادن و جلو رفتن به سوی هدف‌هایی که در انقلاب ما بود از این میراث ارزشمند دفاع کنیم». از اینکه دیگر سخنی از «کف خیابان» نیست، خوشحالم و امیدوارم در عمل هم مردم را مقابل هم قرار ندهید. خدا کند با فاصله‌گیری از رفتار خود در قشون‌کشی در کف خیابان احترام ما به شما براساس درس‌های حضرت آیت‌الله بیشتر شود و مرزبندی ما با شما به حد نظر و سلیقه تقلیل یابد.
درود خدا بر محمد خاتم و محمد خاتمی 
