به گزارش شهدای ایران،در میان مراجع وقت حوزه آیت الله گلپایگانی مواضع مثبت جدی و و یکنواخت داشت و طی سالهای پس از تبعید امام به نجف تا سال ۵۶ که حرکت عمومی بر ضد رژیم آغاز شد ایشان به عنوان يك مرجع معارض با حکومت در ایران در حد مقدور و با توجه به ویژگیهای شخصی روی یک خط مستقیم مقاومت می‌کرد. بیانیه‌ها و سخنرانی‌هایی که از ایشان طی این سالها برجای مانده است نشانگر موضع مقاومت جویانه وی برابر خواسته‌ها و اهداف رژیم است.

در زمان بازداشت امام در خرداد ۴۲ وی ضمن اطلاعیه بسیار تندی علیه رژیم در پایان تأکید کرد به آنها که می‌گویند روحانیت نباید در سیاست دخالت کند، اعلام می‌کنم که دین ما دین اسلام و سیاست ما سیاست اسلامی است و مسلمان از سیاست و نظارت در امور کشور اسلامی نمی‌تواند برکنار بماند تا چه رسد به فقها و مجتهدین که دارای مقام زعامت شرعیه و نیابت عامه هستند. نکته اخیر ترویج نگرش ولایتمدارانه برای فقهای شیعه بود.

مبارزات وی در طول سالهای پس از نهضت خرداد یکسره ادامه داشت. آیت الله گلپایگانی به طور مداوم برخوردهای انتقادی و در عین حال محتاطانه خود را نسبت به رژیم داشت و بویژه تلاش می‌کرد تا حوزه قم را از فشار دولت خارج کند.

در سال‌های 1345 و 1346 که بحث تغییر لایحه خانواده توسط عده ای از سناتورها مطرح شد، بسیار قاطع به میدان آمد؛ هم نامه نوشت و هم در سخنرانی‌های خود در جمع طلاب به صراحت برابر آن موضع گرفت.

جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل هم که در خرداد ۱۳۳۶ رخ داد، واکنش علمای قم از جمله آیت الله گلپایگانی را برانگیخت و صد البته که امام و آیت الله میلانی بسیار جدی‌تر با آن برخورد کردند.

بیانیه آیت الله گلپایگانی که به عربی هم انتشار یافت بسیار صریح و تند بود. این قبیل اقدامات گرچه برای دفاع از فلسطین بود. اما به دلیل حمایت رژیم پهلوی از اسرائیل به معنای مخالفت با نظام شاهی هم به حساب می آمد.

ساواک هم بیکار نمی‌نشست و رسما به اسم طلاب حوزه علميه قم بيانيه عليه مراجع تنظيم کرده با مقامات بالاتر هماهنگ و آنها را تکثیر و در سطح ایران منتشر می‌کرد. نصیری رسما دستور داده بود که طرحی برای تضعیف آیت الله گلپایگانی تهیه کنند.

یک بار آیت الله گلپایگانی، عبدالحجه بلاغی را که روحانی بود و در جشن‌های شاهنشاهی شرکت کرده بود با تحقیر از خانه‌اش بیرون کرد.

مقاومت آیت الله گلپایگانی ساواک را خشمگین کرده بود.

در وقت تاجگذاری شاه و ولیعهدی فرزندش کسی از دربار برای گرفتن تبریک نزد آیت الله گلپایگانی رفته بود ایشان در پاسخ گفته بود: خواسته‌های شما درست مثل آن می‌ماند که یزید به امام زین العابدین(ع) بگوید؛ اکنون که پدرت امام حسین(ع) را کشتم بیا و برای این جریان تبریک بگو.

سخنرانی تند وی در سال ۱۳۴۸ در مسجد اعظم درباره کنترلی که روی ایشان اعمال شده و نیز برخوردی که با يك چاپخانه‌دار به خاطر چاپ اعلامیه ایشان علیه اسرائیل شده بود نشانگر شجاعت وی در برخورد با نظام پهلوی است.

وی در این سخنرانی تاکید کرد دنیا بداند که ما آزادی نداریم. ایشان در این سخنرانی از ارتباط میان دولت ایران و اسرائیل سخت انتقاد کرد.

آقای فلسفی که از شدت برخورد آقای گلپایگانی تعجب کرده، (بنا به شنود ساواک) به ایشان اظهار می‌کند که روش مرحوم بروجردی را در پیش گیرد. اما آقای گلپایگانی در پاسخ گفته است که در اوایل کار امام خمینی که ساکت بودم تكليفم آن طور بود ولی فعلا تکلیفم چیز دیگری است. در آن زمان آقای بروجردی وظیفه‌اش آن طور حکم می‌کرد ولی من فعلا صلاح نمی‌بینم که ساکت بنشینم.

منبع: کتاب جریانها و سازمانهای سیاسی- مذهبی ایران؛ تدوین: رسول جعفریان