فعالیت‌های سیاسی  آیت‌الله غفاری‌نژاد را می‌توان در موارد زیر برشمرد:

    1ـ  سمت امام جماعت مسجد الهادی: آیت‌الله غفاری در موارد متعددی در این مسجد به ایراد سخنرانی‌هایی علیه اعمال منفی حکومت پهلوی پرداخت.
    2ـ سخنرانی علیه تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی: وی به همراه علمای تهران اعلامیه‌هایی را بر ضد این لایحه امضا کرد که در آن زمان، چاپ و توزیع شد.
    3ـ  حمایت از تحریم طرح «انقلاب سفید» توسط امام خمینی: محمدرضا پهلوی با طرح «انقلاب سفید» اصلاحات آمریکایی خود را اعلام و بر مخالفت با مبانی مذهبی پافشاری‌کرد، علما و مراجع به رهبری امام خمینی(ره) عید نوروز سال 1342 را تحریم کردند.
    4ـ سخنرانی علیه حکومت پهلوی در پی حادثه مدرسه فیضیه: پس از وقایع مدرسه فیضیه قم و مدرسه طالبیه یزد، سخنرانی‌های کوبنده‌ای علیه حکومت پهلوی ایراد کرد.

وی طی چند مرحله توسط مأموران ساواک دستگیر و روانه زندان شد. در گزارش ساواک آمده است: «اطلاع واصله حاکی بود که یاده شده به اتفاق فرزندش هادی غفاری در منابر مختلف مطالبی علیه مصالح کشور ایراد و ضمن سخنرانی در مساجد و شهرستان­‌ها ضمن طرفداری از روحانیون مخالف دولت، اصلاحات کنونی کشور را با زمان معاویه مقایسه نموده و چنین نتیجه گرفته که در حال حاضر وضع فعلی حکومت ایران با زمان معاویه تفاوتی ننموده و احتیاج است که جوانان چون امام حسین (ع) بپاخاسته و وضع و امور کشور را بدست گیرند. بر مبنای اظهارات یاد شده نامبرده دستگیر و ضمن بازرسی از منزلش تعدادی اعلامیه مضره کشف می‌گردد که بر مبنای اوراق مکشوفه مشارالیه با صدور قرار مورخ 18/4/53 شعبه 5 بازپرسی دادستانی ارتش بازداشت و پس از رؤیت قرار به آن اعتراض ننموده است.»

به او می‌گفتم مگر دعای افتتاح چه دارد؟ می‌گفت دعای افتتاح در تکه آخرش شهادت می‌خواهد و معمولاً حتی در شب‌هایی که شلاق سخت خورده بود، نماز شب را رها نمی‌کرد

در آرزوی شهادت
با وجود این فشارها و اختناق‌ها آیت الله غفاری در دوران زندان سال 1353 نقش فعالی در مسائل سیاسی و علمی داشت و در کنار مطالعه به تدریس قرآن، فقه و نهج‌البلاغه مشغول بد. در این رابطه فرزند ایشان، حجت‌الاسلام هادی غفاری می‌گوید: «سعی می‌کرد هشت ساعت مطالعه کند و به اضافه چهار ساعت هم نهج‌البلاغه و قرآن و فقه و تارخی فقه به برادران درس می‌داد. حتی در داخل زندان شبی نبود که دعای افتتاح را نخواند و در پایان جمله خدایا شهادت را نصیب من کن نخواند. بعد به او می‌گفتم مگر دعای افتتاح چه دارد؟ می‌گفت دعای افتتاح در تکه آخرش شهادت می‌خواهد و معمولاً حتی در شب‌هایی که شلاق سخت خورده بود، نماز شب را رها نمی‌کرد."

شهادت
آیت‌الله غفاری سرانجام در زندان براثر شکنجه و فشارهای وارده در تاریخ ششم دی‌ماه 1353 به شهادت رسید. اداره ساواک دو روز پس از آن، در شانزدهم دی‌ماه خبر فوت ایشان را به خانواده وی اعلام و از آنان درخواست کرد که بی‌سروصدا و بی‌آنکه به کسی چیزی بگویند برای تحویل جنازه به دادستانی ارتش مراجعه کنند. اما خانواده غفاری از امضای برگه فوت خودداری نمود و لذا اداره امنیت مجبور شد به منظور تدفین مخفیانه، جنازه او را شبانه به قم بفرستد اما طلاب و مردم قم از موضوع باخبر شده و به‌طرز باشکوهی در تشییع جنازه او در صبح روز هفتم دی‌ماه شرکت کردند. در مسیر تشییع جنازه به سمت حرم حضرت معصومه‌(ع)، تعدادی از مراجع تقلید نیز به مردم پیوستند. حاضران در این مراسم شعارهایی نیز علیه حکومت سردادند که به دستگیری تعدادی از طلاب منجر شد. چند روز بعد، آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی مراسم ختم باشکوهی را برای مرحوم آیت‌الله شیخ‌حسین غفاری در مسجد اعظم قم برگزار کرد.

قطعه شعری از آیت الله غفاری

عاشق چو رو به کعبه صدق و صفا کند
احرام ز کسوت صبر و رضا کند
در پیش، راه بادیه گیرد غریب وار
ترک عشیره و بلد و اقربا کند
نگریزد از شداید و رنج مسافرت
در طی ره تحمل خار جفا کند

منابع:
مرکز اسناد انقلاب اسلامی
دانشنامه اسلامی

*راسخون