به گزارش شهدای ایران؛ علی یونسی اخیراً در اظهاراتی که موجب رنجش هواداران و دوستداران انقلاب اسلامی ایران در منطقه شده بود، گفته بود: در حال حاضر عراق نه فقط حوزه تمدنی نفوذ ماست، بلکه هویت، فرهنگ، مرکز و پایتخت ماست و این مسئله هم برای امروز و هم برای گذشته است.

یونسی در ادامه این گفت‌وگو اعلام می‌کند: «جغرافیای ایران و عراق غیرقابل تجزیه است و فرهنگ ما غیرقابل تفکیک است. پس ما یا باید با هم بجنگیم و یا یکی شویم».

این اظهارات باعث شد که رسانه‌های غربی و رسانه‌های عربی مخالف جمهوری اسلامی ایران در راستای پروژه‌های ایران‌هراسی این قسمت از سخنان او را برجسته کرده تا مسئولان عراقی نسبت به این گفته‌ها واکنش نشان دهند.
وزیر امور خارجه عراق در واکنش به سخنان یونسی، گفت: «عراق دارای حاکمیت کامل است و به هیچ طرفی چه ایران و چه غیر از آن اجازه نداده و نخواهد داد که این حاکمیت را نقض یا در امور داخلی این کشور دخالت کند».
همچنین وزارت خارجه عراق با انتشار بیانیه‌ای که وبگاه خبری «السومریه» آن را منتشر کرد، به این اظهارات واکنش نشان داد و ابراز انزجار کرد.
در این بیانیه آمده است: «وزارت امور خارجه عراق تعجب خود را از سخنان منسوب به شیخ علی یونسی مشاور رئیس‌جمهوری ایران در امور اقلیت‌ها، اعلام می‌کند».

البته یونسی چندی بعد، اظهارات خود را تصحیح کرد، اما با این وجود آنچه رسانه‌های غربی می‌خواستند بهره‌برداری کنند، پیش از این تصحیح انجام شده بود.

در پی این اظهارات دادگاه ویژه روحانیت امروز علی یونسی را احضار کرد.

یونسی پیش از این نیز با اظهاراتی مانند نقض گسترده  حقوق بشر در زندان‌های ایران و همچنین ضرورت بازگشت نمادهایی مانند نماد شیروخورشید که جزو نمادهای طاغوت محسوب می‌شود، موجب حاشیه‌سازی‌های گسترده‌ای برای دولت شده بود.

جمع زیادی از نمایندگان مجلس و همچنین شخصیت‌های سیاسی به‌دلیل سابقه حاشیه‌ساز یونسی معتقدند که رئیس‌جمهور هرچه سریعتر باید چنین دستیاری را عزل کند.