شهدای ایران:ابراهیم یزدی در نامه‌ای سرگشاده به وزیر اطلاعات که در سایت‌های ضدانقلاب منتشر شده، به یکی از تحلیل‌های منتشره در سایت این وزارت اشاره می‌کند و با سفسطه بر سر «حق انتقاد» و «براندازی» به سیره امیرمومنان استناد می‌کند. یزدی نهضت آزادی را نه گروه برانداز که گروه منتقد معرفی می‌کند و می‌نویسد: تحلیل مذکور در دوره دولت سابق منتشر شده است. پس از انتخابات خرداد ماه 92، که آن سبو بشکست و آن پیمانه ریخت، آیا وزارت اطلاعات در دولت آقای دکتر روحانی تحلیل یاد شده را قبول دارد و براساس آن با اشخاص، گروه‌ها و احزاب سیاسی برخورد می‌کند یا آن را قبول ندارد؟ و اگر قبول ندارد، چه تغییراتی در این نگرش و رفتارهای مبتنی بر آن داده شده است و نشانه‌های آن چیست؟ آیا در زمان وزارت شما هم احزاب و گروه‌های اصلاح‌طلب، از جمله نهضت آزادی ایران، که از سال 1388 برخلاف قانون، با دستور و تهدید وزارت اطلاعات، فعالیتش متوقف شده است، باید همچنان از حقوق قانونی‌شان محروم باشند؟
گرفتن ژست اصلاح‌طلبی و منتقد بودن و خیرخواهی در حالی است که اسناد جاسوسی و خیانت سران گروهک نهضت آزادی به وفور پس از تسخیر لانه جاسوسی آمریکا لو رفت. همچنین در جریان دفاع مقدس، بیانیه‌های گروهک در خدمت ارعاب افکارعمومی و گستاخ‌تر کردن رژیم بعث قرار داشت. دست‌اندرکاران این گروه پس از آن نیز در کانون فتنه‌انگیزی و تحریک به آشوبگری قرار داشتند و سعی کردند با نزدیک کردن خود به برخی مدعیان اصلاح‌طلبی، از اتهام خیانت و جاسوسی خارج شده و نقاب اصلاح‌طلبی به صورت بزنند.
حضرت امام خمینی در پاسخ نامه علی‌اکبر محتشمی وزیر کشور وقت این چنین تصریح کردند؛
«جناب حجت‌الاسلام آقای محتشمی، وزیر محترم کشور- ایده الله تعالی
در موضوع نهضت به اصطلاح آزادی مسائل فراوانی است که بررسی آن محتاج به وقت زیاد است. آنچه باید اجمالا گفت آن است که پرونده این نهضت و همین‌طور عملکرد آن در دولت موقت اول انقلاب شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است و دراین‌باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است؛ و حمل به صحت اگر داشته باشد، آن است که شاید آمریکای جهانخوار را، که هر چه بدبختی ملت مظلوم ایران و سایر ملتهای تحت سلطه او دارند از ستمکاری اوست، بهتر از شوروی ملحد می‌دانند. و این از اشتباهات آنها است.
در هر صورت، به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقاتهای مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آنها، که اگر خدای متعال عنایت نفرموده بود و مدتی در حکومت موقت باقی مانده بودند ملتهای مظلوم بویژه ملت عزیز ما اکنون در زیر چنگال آمریکا و مستشاران او دست و پا می‌زدند و اسلام عزیز چنان سیلی از این ستمکاران می‌خورد که قرنها سر بلند نمی‌کرد، و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویلهای جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهکهای دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است.
نهضت آزادی و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتارها و نوشتارهای آنها که منتشر کرده‌اند مستلزم آن است که دستورات حضرت مولی الموالی امیرالمومنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حکومتی که گاهی برخلاف احکام اولیه  و ثانویه اسلام است، برخلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را- نعوذ بالله- تخطئه، بلکه مرتد بدانند! و یا آنکه همه این امور را از وحی الهی بدانند که آن هم برخلاف ضرورت اسلام است.
نتیجه آنکه نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آنها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند. والسلام علی من اتبع الهدی. توفیق جنابعالی را از خداوند تعالی خواستارم.
روح‌الله الموسوی الخمینی».
یادآور می‌شود برخی اعضای فراری نهضت آزادی و گروهک ملی-مذهبی بارها از اینکه وزارت اطلاعات موضع قاطعی در قبال این گروهک‌ها دارد ابراز نارضایتی کرده‌اند.