به گزارش شهدای ایران بر اساس گزارش‌های دریافتی، نیلی احمدآبادی، وزیر پیشنهادی علوم، در روزها و ماه‌های فتنه ۸۸ نقش پررنگی در شوراندن دانشجویان و استادان برای ابراز مخالفت با نظام و همراهی با فتنه‌گران داشت.

 از جمله می‌توان به تلاش‌های جدی وی در هیئت‌رئیسه برای تصویب تعطیلی دانشکده فنی در زمان فتنه اشاره کرد. از جمله اقدامات دیگر وی در بزنگاه فتنه، نیمه‌تمام گذاشتن کلاس‌ها و توصیه به تعطیلی امتحانات در گیرودار فتنه و امضای نامه‌ای بود که پس از ۱۶ آذر ۸۸ خطاب به رهبر معظم انقلاب نگاشته شد و با وارونه جلوه دادن واقعیات، ضمن اتهام‌زنی غیرمستقیم به شخص رهبر انقلاب، موجبات سوء‌استفاده رسانه‌های بیگانه را فراهم کرد. وی همچنین در سال ۸۴ و پس از تغییر رئیس دانشگاه تهران، در دانشکده فنی به تعطیلی کلاس‌های درس و تحریک به تجمع دانشجویان در برابر سالن تودیع و معارفه اقدام کرد، اقدامی که موجب ضرب و شتم رئیس فقید دانشگاه تهران، آیت‌الله عمید زنجانی و تعدادی دیگر از استادان دانشگاه شد و تعطیلی کلاس‌ها نیز به مدت چهار روز ادامه یافت. تغییر کاربری زمینی که برای احداث مسجد در دانشگاه در نظر گرفته شده بود، حذف آثار و تفکرات برخی از متفکران انقلابی و ترویج کتب و تفکرات امثال عبدالکریم سروش در دانشکده فنی دانشگاه تهران، بدرفتاری و ایجاد محدودیت برای نماینده مقام معظم رهبری، حجت‌الاسلام والمسلمین عابدین‌زاده، از جمله اقدامات محمود نیلی احمدآبادی در دوره‌های مختلف مسئولیتش در دانشگاه تهران است. به‌دلیل همین سابقه نیلی در فتنه، بسیاری از نمایندگان مجلس به معرفی او برای پست وزارت علوم اعتراض دارند؛ از جمله امیرآبادی، نماینده مردم قم، در واکنش به معرفی نیلی از سوی دولت برای وزارت علوم گفته است: به نظر می‌رسد معرفی چنین گزینه‌هایی در راستای ایجاد تعامل بیشتر با مجلس نیست؛ زیرا دولت می‌داند اکثریت قریب به اتفاق نمایندگان مجلس، اصول‌گرا هستند و با موضوع فتنه و فتنه‌گران زاویه دارند و به آن‌ها رأی نمی‌دهند و وزارت علوم باید به دست فردی عادل و معتدل که بیشتر دنبال رشد علمی کشور باشد، داده شود.