به گزارش سرویس سیاسی پایگاه خبری شهدای ایران؛ شهید خلیلی 25 تیر ماه سال 1390 در حین بازگشت از هیات، در پی امر به معروف و نهی از منکر از سوی افراد شرور مورد ضرب و شتم قرار گرفت و از ناحیه گردن و قسمت شاهرگ دچار جراحت شد  و ضارب وی در سال 90 دستگیر شد اما به علت مجروحیت این طلبه آمر به معروف، دادگاه دیه جراحت برای ضارب صادر کرد اما اکنون با توجه به شهادتش، موضوع تغییر کرد و پزشکی قانونی در نتیجه بررسی‌های خود دریافت که علت فوت شهید علی خلیلی بی‌ارتباط با حادثه صورت گرفته در سال‌90 نبوده است.
 
"احسان اسکندری" وکیل مدافع خانواده "شهیدعلی خلیلی" طلبه ناهی از منکر گفت: طبق نظر پزشکی قانونی علت شهادت علی خلیلی بی‌ارتباط با حادثه 3 سال قبل نیست.
 
طبق گفته "حجت‌الاسلام والمسلمین محسنی‌اژه‌ای" دادستان کل کشور بنا بر این شد که چنانچه فوت شهید خلیلی بر اثر جنایت و جراحت سابق بوده و سرایت آن منجر به فوت شده باشد، مجددا پرونده مراحل قانونی خود را طی خواهد کرد.
 
در نهایت قرار بر این شد که پس از تکمیل تحقیقات مقدماتی از فرد ضارب، بازپرس بر اساس تحقیقات صورت گرفته اقدام به صدور قرار مجرمیت یا منع تعقیب کند اما این در حالی است که "محسن افتخاری" سرپرست دادگاه‌های کیفری استان تهران در ارتباط با آخرین وضعیت پرونده ضارب شهید خلیلی گفت: شعبه رسیدگی کننده وقت دادگاه را نیز تعیین کرده است.

این در حالی است که در 12خرداد نخستین جلسه دادگاه برگزار شد که با توجه به اعتراض متهم به نظریه پزشکی قانونی، جلسه دادگاه تجدید شد. در ادامه کارشناسان پزشکی قانونی پس از بررسی پرونده همان نظر قبلی را اعلام کردند.

با اعلام نظر پزشکی قانونی، قاضی حسین اصغرزاده، رئیس شعبه 113 دادگاه کیفری، برای دوشنبه -31  شهریور- وقت رسیدگی فوق‌العاده صادر کرد و صبح امروز دادگاه ضارب شهید خلیلی بر گزار شده است و تا عصر ادامه دارد. در این میان اما بسیاری منتظرند تا عدالت در باره ضارب شهید خلیلی به اجرا در آید.