آیت الله مهدوی کنی در  مورد منشا فتنه 88 می گوید:« برخی آقایان گرفتار این فتنه شدند و گروهی را نیز آلوده کردند. معنای فتنه همین است که گاهی سران فتنه خود غافل از آن هستند. بنده همان روزهای اول تأکید داشتم راه حل رفع فتنه یافتن نقطه اتکایی است که این نقطه در همه مکتب‏ها و حکومت‏ها وجود دارد و به آن اعتماد می‌کنند. مگر کسانی که بخواهند آشوب و اغتشاش بر پا کنند. مصلحت هر کشور و نظامی اقتضاء می‌کند در هنگام آشوب به سمت آن فصل الخطاب بروند اگر چه آن فصل الخطاب مطابق میل ما نباشد.»
 
آیت الله مهدوی‏ کنی در این خصوص ادامه می‏دهد:«در این حوادث اخیر برخی آقایان نظرات رهبری را قبول نکردند که با این عمل هم به خود و هم به انقلاب ضربه زدند. اگر آنان نظرات رهبری را قبول می‌کردند ما این مشکلات بعدی را نداشتیم».

کاش مرده بودم و حرف‏های موسوی را نمی‏شنیدم
حضرت آیت الله مهدوی کنی تمکین به رای مردم و فصل الخطاب بودن ولایت فقیه را همواره مورد تاکید قرار می دهد و به حضور خود در مراسم تنفیذ ریاست جمهوری پس از انتخابات دهم اشاره می کند.
ایشان هوشیارانه شرایط کشور را در آن انتخابات زیر نظر دارند و در درس اخلاق خود با اشاره به سخنان میرحسین موسوی در شب مناظره می گویند:« کاش مرده بودم و حرف‏های موسوی را نمی‏شنیدم. آن برادرمان در سخنشان این طور فرموده‏اند که من آمده‏ام اقتصاد خراب ایران را در40 سال گذشته درست کنم. برادر! شما 10 سال قبل از انقلاب را هم چسباندی به 30 سال بعد ازانقلاب؟! یعنی از دوران نظام شاهنشاهی تا بعد از انقلاب، همه اینها یک پرونده با هم است و خراب است که می‏خواهیم درست کنیم؟!... در این صورت، مخالفین ما می‏گویند خودشان دارند می گویند 40 سال است که خرابی است و این کم لطفی است و باید از این جور برخورد استغفار کرد»

 
 این سخن رییس مجلس خبرگان آن روزها فراوان شنیده می شد که خطاب به موسوی و حامیان آشکار و نهانش فرمودند:« حتی اگر شما خود را بر حق می‏دانید، مصالح جامعه اسلامی را بپذیرید؛ مرز خود را با دشمن مشخص کنید؛ به رأی ولایت تن بدهید؛ حداقل این است که تمکین شما در مقابل نظام مصداق صلح امام حسن(ع) را پیدا خواهد کرد.»
 
آن روزها گفته شد که موسوی درخواست دیدار با آیت الله مهدوی کنی را دارد، او در پاسخ به این درخواست پایان دادن به اغتشاشات و پذیرش قانون را متذکر شد و تاکید می کند:«آقای موسوی باید ابتدا تکلیفش را با نظام و قانون مشخص کند که اینها را قبول دارد یا نه؟»
در روزهایی که برخی از خواص با سکوت و بعضا با طعنه و کنایه رهبری نظام را تنها گذاشتند، نظرات و مواضع صریح و شفاف سیاسی ایشان در دفاع از گفتمان انقلاب اسلامی و مواجهه با جریان فتنه برای آشکار کردن جبهه نبرد حق و باطل، کمک شایانی به رفع فتنه و اگاهی مردم نمود.

یار دیرین انقلاب، وصیت امام راحل را یادآور می شود و در آبان ماه 88 در دیدار با مسئولان فرهنگی وزارت علوم ضمن اشاره به حوادث بعد از انتخابات می گوید: :«نباید قدرت به دست کسانی بیفتد که با ولایت فقیه مشکل دارند.»
عاشورای 88 فرا می رسد. فتنه گران در هتک حرمت به اباعبدالله علیهم السلام کم نمی گذراند و اصول اساسی نظام اسلامی را زیر سوال می برند. آیت الله مهدوی کنی با اعلام تاثر خود از این فاجعه تلخ می گوید :«ملت بیدار و انقلابی ایران پس از گذشت 30 سال از انقلاب شکوهمند خود در روز عاشورای حسینی سال 88 با حادثه غیرمنتظره‏ای روبرو شد و ناگهان مشاهده کرد که گروهی به بهانه تقلب در انتخابات ریاست جمهوری با شعارهای ضدانقلابی و ضدعاشورایی به صحنه آمدند و با توهین به مقدسات و رفتار و گفتار نابهنجار، عاشورای حسینی را به سخره گرفته و عملا اثبات کردند که مسئله انتخابات بهانه ای بیش نبوده و اینها با اساس انقلاب و دستاوردهای آن مخالفند. اقدامات اینان در این روز بزرگ قلوب تمام شیعیان و عزاداران حسینی را جریحه دار کرد و معلوم شد که علت اصلی این جار و جنجال، موضوع انتخابات نیست و هدف اصلی براندازی و مقابله با نظام و رهبری است.»
 
یار دیرین انقلاب در مورد حماسه نهم دی ماه می افزاید:«از این رو ملت با یک احساس دینی و ملی، یکپارچه به میدان آمد و با حرکتی خودجوش در سراسر کشور و بلکه در خارج ایران عکس العمل نشان داد. عزاداران حسینی که در روز عاشورا برای امام حسین علیه السلام و حادثه عاشورا عزاداری می کردند و با مشاهده این جریان ضدعاشورایی با تمام وجود و حتی با فرزندان خردسال خود به صحنه آمدند و اثبات کردند که در پای اسلام و عاشورا از هیچگونه فداکاری دریغ نداشتند و تا پای جان ایستادند.اما آشوبگران و فتنه جویان از این نکته غفلت داشتند که ملت بصیر ایران به مقدسات دینی و ملی خود پایبندند و آن را فدای حوادث مقطعی و سیاسی و گروهی نمی کنند. از این رو همه آمدند. حتی آنان که به نامزد رقیب رای داده یا متمایل بودند احساس خطر کردند و به ملت پیوستند و رای واقعی خود را با تظاهرات میلیونی و عمومی ابراز داشتند.»

 
آیت الله محمدرضا مهدوی کنی همچنین درباره ویژگی‏ها و ابعاد حماسه 9 دی گفت:«در این روز مردم وفاداری خود را به اسلام و قانون اساسی و نظام اسلامی اعلام داشته و با رهبری معظم انقلاب تجدید بیعت کردند و مشت محکمی به دهان بدخواهان زدند ولی با کمال تاسف سران فتنه به خود نیامدند و از حرکات آشوبگران اعلام برائت نکردند و خدا را فراموش کردند و در بیانیه‏ای آنها را مردمان خداجو نامیدند(!) و از این نکته غفلت کردند که تشویق و تحریک مردم در روز عاشورا علیه نظام اسلامی و رهبری نتیجه ای جز خذلان و شکست نخواهد داشت و تبعات آن قطعا دامنگیر آنها خواهد شد و ملت آنها را به عنوان شریک جرم بلکه علت آن شناخته و نام آنها در تاریخ انقلاب به عنوان حرمت شکنان عاشورا ثبت خواهد شد.»

عاشورای 88 گذشته است و حضور شکوهمند مردم در دفاع از ولایت فقیه و رهبری در 9 دی ماه نیز، مشت محکمی بر دهان فتنه گران ده است، اما عمار انقلاب باز به روشنگری می پردازد.
دبیر کل جامعه روحانیت مبارز پیام خود برای 22 بهمن را با این آیه شریفه آغاز کرد که:«جاءالحق و زهق‌الباطل ان الباطل کان زهوقاً.» و پیش‏بینی کرد:«مردم مؤمن و غیور ایران با هوشیاری تمام در برابر همه فتنه‌ها می‌ایستند و مانند همیشه پشت سر رهبری از انقلاب اسلامی دفاع خواهند کرد و دست خائنین و متجاوزین را از دامان پاک نظام مقدس جمهوری اسلامی کوتاه خواهند نمود و در بیست و دوی بهمن، جهان شاهد نمایش وحدت آحاد ملت بزرگوار ایران خواهد بود.»
 
ایشان در این بیانیه تصریح می کند:«چنانکه امیرالمؤمنین علیه السلام فرمودند لما رای الله صدقنا اَنزَل علینا النَصر و عَلی عَدوِنا الکبت. چون در حوادث پس از هجرت خداوند متعال صدق و صفای ما را دید یاری‌اش را بر ما فرو فرستاد و دشمنان ما را سرکوب نمود.»

فتنه گران خواستند، از طریق آیت الله آبروی رفته خویش بازستانند، اما ایشان با تکذیب خبر رسانه ها در میانجیگری برای فتنه گران می گوید: «کجا قرار بود من این بحث را دنبال کنم؟همه باید به مصالح ملی و مذهبی بیاندیشند و همان‌طور که رهبری فرموده‌اند؛ اگر کسی در کشتی نظام سوار نشود از غافله عقب خواهد ماند. ما در کشورمان بر اساس یک سری اصول انقلاب کردیم که این اصول باید حفظ شود، وگرنه عقب می‌مانیم»
او در خرداد ماه 89 در جمع اعضای حزب موتلفه اسلامی تصریح کرد:« با کسانی که کفر می‏ورزند نباید رفاقت کنیم، با کافر معاند رفاقت نکنیم، این جزو وظایف ما است، اشتباهاتی که برخی‏ها انجام دادند موجب خوشحالی دشمن شد، در جریان انتخابات دشمن را شاد کردند و دشمنان برایشان کف زدند.

آیت الله مهدوی کنی با فتنه خواندن حوادث بعد از انتخابات سال 88، با اشاره به مواضع رهبر انقلاب در حوادث آن سال می گوید:«به نظر من اگر مواضع ایشان در این دوران فتنه نبود نمی‌توانستیم این انقلاب را حفظ کنیم.» او به وضعیت فتنه‏ گران اشاره کرد و افزود:«افراد معترض موضع‌گیریها و برنامه‌هایی را در روزهای پس از انتخابات اجرا کردند که در آن مقطع دشمن به این جریان امیدوار شد و وقتی دشمن به یک جریانی امیدوار می‌شود، معلوم است که آنها در مسیر انحراف افتاده‌اند. باید این قضایا زودتر جمع می‌شد و این اتهامات علیه نظام مطرح نمی‌شد تا دشمنان بیش از این شاد نمی‌شدند.»