به گزارش شهدای ایران به نقل ازدانشجو، سید مصطفی آذر 1309 (ه.ش) در قم متولد شد. پس از پایان تحصیلات ابتدایی، به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال 1330، سطح را به پایان رسانید و در درس خارج امام(ره) و آیت الله بروجردی (قدس سره) حضور یافت و دیری نپایید که به درجه اجتهاد رسید و از تقلید بی نیاز شد.

از دیگر اساتید وی در علوم اسلامی علاّمه طباطبایی، آیات عظام داماد، شیخ مرتضی حائری، سید محمد باقر سلطانی، شهید صدوقی، حاج شیخ محمد جواد قزوینی و سید ابوالحسن قزوینی هستند.

در سال 1341، همراه با امام خمینی(ره) به مبارزه با رژیم شاه برخاست و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش به سزایی ایفا کرد.

در سال 1342، در دورانی که امام قدس سره در قیطریه تهران زیر نظر بودند، رئیس وقت شهربانی کل کشور (سپهبد نصیری) او را به شهربانی جلب و هشدار داد که اگر از فعالیت های سیاسی و مبارزاتی دست نکشد، تحت پیگرد قرار می گیرد.

امام چهارم آبان 1343، علیه لایحه کاپیتولاسیون سخنرانی کردند و در این سخنرانی، ضمن برملا کردن خیانت رژیم در تصویب این لایحه، تکلیف خود و ملت ایران را با رژیم های آمریکا، اسرائیل و همچنین با دست نشانده ی آنان، محمدرضا پهلوی یکسره کردند. در تاریخ 13 آبان همان سال امام را شبانه دستگیر و به ترکیه تبعید کردند.

حاج سید مصطفی از این وحشیگری رژیم که نمونه ی آن را نیز به چشم دیده بود، سخت بر آشفت و به خیابان آمد و با سیل خروشان مردم خشمناک قم به طرف بیوت آیات عظام به راه افتاد و همگام با مردم قهرمان قم با فریاد اعتراض خویش، جوّ رعب و وحشت را شکست و از مراجع وقت خواستار اقدام برای آزادی امام شد.

ساواک دستور جلب ایشان را به شهربانی قم صادر کرد، مأموران رژیم زمانی که حاج آقا مصطفی در بیتِ آیت الله العظمی مرعشی نجفی قدس سره به گفت و گو با ایشان مشغول بود، یورش بردند و ایشان را دستگیر کردند و مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادی زندانی کردند.

8 دی 1343 از زندان آزاد و 13 دی که تنها پنچ روز از آزادی وی می گذشت، به دنبال استقبال چشمگیر مردم از آن عالم مجاهد، مأموران رژیم به خانه ی وی در قم یورش بردند و بار دیگر او را دستگیر کردند که این یورش وحشیانه مایه بیم و هراس همسر آن بزرگوار و سقط جنین او شد؛ سرانجام نیز روز 14 دی او را از ایران به ترکیه تبعید کردند.

13 مهر 1344، امام قدس سره و فرزندش از ترکیه به عراق برده شدند و روز 23 مهر 1344، در نجف سکونت گزیده و بی درنگ درس و بحث را آغاز کرد و حاج آقا مصطفی افزون بر حضور در درس امام قدس سره، شخصاً به تدریس پرداخته و شاگردان فاضلی پرورش داد.

با انتشار خبر، حوزه نجف در هاله ای از غم و اندوه فرو رفت. درس ها تعطیل شد و روحانیت به سوگ نشست. جنازه آن شهید توسط یاران و شاگردان او به کربلا برده شد. در این مراسم جمعیت انبوهی شرکت کردند و جنازه را با آب فرات غسل داده و در محل خیمه گاه امام حسین علیه السلام کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سید الشهداء علیه اسلام و حضرت عباس علیه السلام، به نجف بازگرداندند و روز بعد جنازه ی آن شهید از مسجد بهبهانی (واقع در بیرون دروازه ی نجف) با شرکت انبوهی از علما، فضلا، طلاب، کسبه، اصناف و دیگر اهالی نجف به طرف صحن مطهر علوی تشییع شد. امام قدس سره در مسجد بهبهانی حضور یافت و پس از توقفی کوتاه و خواندن فاتحه، با قامتی استوار به خانه بازگشت و در مراسم تشییع و خاکسپاری شرکت نکرد. در هنگان تشییع جنازه، بازار نجف یکپارچه تعطیل شد. آیت الله خویی قدس سره در صحن مطهر امام علی علیه السلام، بر جنازه ی شهید نماز خواند و در کنار مقبره ی علامه حلی قدس سره به خاک سپرده شد.

شب هنگام امام خمینی قدس سره پس از زیارت حرم مطهر حضرت علی علیه السلام به سراغ فرزند عارف، عالم و مجاهد که در دل خاک آرمیده بود، رفت و با چهره ای باز و آرام نخست برای یکایک عالمانی که در آن مقبره دفن شده اند، اعلام قرائت فاتحه کردند و در پایان، از حاضران خواستند برای مصطفایش طلب مغفرت کنند و در آن لحظه که همه چشم ها اشک ریزان بود، امام قدس سره از سر قبر فرزندش برخاست و بدون کوچکتری آزردگی و گرفتگی از حاضران تشکر کرد و از آن جا بیرون رفت.

حاج آقا مصطفی در کنار برنامه های درسی و علمی، با راه ها و شیوه های نوینی، مبارزه با شاه را دنبال کرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام قدس سره بود. 

21 خرداد 1348، به دنبال یک سلسله فعالیت ها و کوشش ها در راه برانگیختن آیت الله حکیم قدس سره علیه رژیم ضدّ اسلامی عراق، بعثی ها او را دستگیر و به بغداد بردند. رئیس جمهور آن روز عراق (احمد حسن البکر) به وی هشدار داد در صورت ادامه فعالیت علیه حکام بغداد، با واکنش شدیدی روبرو خواهد شد.

آیت الله سید مصطفی خمینی نیمه شب یکشنبه، اول آبان 1356، به شکل مرموزانه ای به شهادت رسید.

در پی شهادت او، امام قدس سره در یادداشتی چنین مرقوم کردند:
«بسمه تعالی
انا لله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه، نهم شهر ذی القعدة الحرام 1397، مصطفی خمینی نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.                                                                                     

اللهم ارحمه و اغفر له و اسکنه الجنّة بحقّ اولیائک الطّاهرین علیهم الصّلوة و السّلام.»

امام 13 آبان 1356 در پاسخ به پیام تسلیت یاسر عرفات، نوشتند:

«این مصیبت ها در مقابل مصایبی که بر اسلام و مسلمین وارد شده و می‏شود، ناچیز است.»

شهادت حاج آقا مصطفی و نحوه برخورد امام که او را «امید آینده اسلام» خطاب کرده بود، نهضت اسلامی 15 ساله ی ایران را جان تازه ای بخشید؛ به گونه ای که یکباره فراگیر و به شکل انقلابی طوفان زا و کاخ برانداز در آمد.

پس از شهادت حاج آقا مصطفی خمینی، ناگهان در سراسر ایران، صدها مجلس ترحیم در مساجد و مدارس حوزوی و نیز دانشگاه های داخل و خارج برگزار شد و از رهگذر این مجالس، دل ها متوجه نجف گشت و امام خمینی(ره) به عنوان رهبر انقلاب، دوباره توجه تمامی جامعه ایران را به خود معطوف ساخت.

از دیگر پی آمدهای شهادت حاج آقا مصطفی، می توان به گسترش نفوذ و محبوبیت امام خمینی، تثبیت رهبری ایشان، آشکار شدن ماهیت ضد اسلامی رژیم شاه، بیداری روزافزون مردم، زمینه سازی قیام نوزده دی مردم قم، سرعت یافتن روز انقلاب اسلامی، ایجاد وحدت و یکپارچگی میان نیروی های مخالف رژیم شاه و اثرگذاری در جنبش مقاومت اسلامی فلسطین و لبنان نیز اشاره کرد که به تقویت روحیه جهاد و مبارزه بر ضد رژیم پهلوی شاه انجامید.

البته شناخت و بررسی انگیزه ها و علل پیروزی انقلاب به مطالعات و تحقیقات گسترده ای نیاز دارد، اما به شکل کوتاه و گذرا علل و عوامل فراگیری نهضت امام قدس سره، در پی شهادت حاج سید مصطفی را می توان این گونه بر شمرد:

- برگزاری مراسم بزرگداشت در بیشتر نقاط کشور:

اصحاب مسجد و محراب در پی دریافت خبر شهادت مظلومانه ی مجتهدی که مایه ی امید برای اسلام و ایران بود، سخت به خشم آمدند و نتیجه گیری کردند که رژیم شاه با دست زدن به این جنایت، انتقام کینه توزانه ای از امام (قدس سره) آن هم در دیار غربت و در تبعید گرفته است؛ از این رو مصمم شدند که دست کم با برپایی مراسم سوگواری با رهبر و امام امت همدردی کنند.

رژیم شاه برای آن که خود را بی طرف وانمود کند، از برپایی مراسم جلوگیری نکرد و کوشید که خود را بی تفاوت بنمایاند. کارشناسان رژیم می پنداشتند شور و هیجانی که کشور را فرا گرفته، به دنبال برپایی مراسم فروکش می کند و این مراسم سوپاپ اطمینانی است که از انفجار پیشگیری خواهد کرد! غافل از ان که این مراسم با آن گستردگی مایه آگاهی، رشد سیاسی و جرأت و جسارت بیشتر مردم و هر چه فروزان تر شدن آتش خشم و قهر آنان خواهند شد؛ خشم و خروشی که کنترل ناشدنی است و مراسم بزرگداشت تا چهلم شهادت او به طور پیوسته در استان ها، شهرها و شهرستان ها تداوم یافت.

در این مجالس گویندگان مذهبی و مجاهدان روحانی با بهره گیری از فرصت به دست آمده در تببین خط و اندیشه ی امام قدس سره و نمایاندن هرچه بیشتر ماهیت ضدّ اسلامی شاه و انگیختن توده ها علیه هیئت حاکمه خود کامه و وابسته به بیگانه، داد سخن دادند و با آوردن نام خمینی، آفریننده حماسه ها، شورش ها و خیزش ها، چهره ی جامعه را دگرگون کردند. از روز اول آبان ماه 1356، یکباره نام و یاد امام (قدس سره) در فضای پهناور ایران طنین افکند و شور و شوق نوینی در دل ها پدید آورد.

- به صحنه آمدن مردم:

ملت در طی نهضت اسلامی ایران در سنگر مسجد رشد سیاسی و آگاهی دینی بایسته ای یافته و به اسلام ناب محمدی تا اندازه ای شناخت پیدا کرده بودند و برای دست زدن به خیزشی همگانی، آمادگی کامل داشتند.

برگزاری مراسم بزرگداشت، این مجال را به مردم داد تا آنچه را که در مکتب انقلابی اسلام آموخته بودند، به کار بندند و نفرت و بیزاری خود را از رژیم شاه اعلام کنند. مردم در این مراسم تنها به اظهار وفاداری و ابراز احساسات نسبت به امام قدس سره بسنده نکردند، بلکه با دست زدن به تظاهرات خیابانی و درگیری با پلیس، زمینه فراگیری انقلاب اسلامی را فراهم کردند که قیام خونین 19 دی 1356، در واقع اوج این تظاهرات و راهپیمایی مردمی بود.

- رهبری های داهیانه امام قدس سره:

از سال 1341 که نهضت اسلامی آغاز شد، امام قدس سره همواره با راهنمایی ها و رهنمودهای سازنده و حیات بخش خود، ملت ایران را به سوی نور و روشنایی و حرکت و خروش پیش می بردند و به آنان آگاهی و بینش می دادند. این رسالت را در تبعیدگاه ترکیه و نجف نیز پی گرفتند. در ترکیه با نگارش کتاب تحریرالوسیله و آوردن یک سلسله احکام سیاسی و انقلابی اسلام در این کتاب، راه مبارزه، حرکت و خیزش را به ملت های مسلمان نشان دادند. در نجف نیز با تدریس و بخصوص بحث ولایت فقیه یا حکومت اسلامی و با اعلامیه ها و سخنرانی های خود در فرصت های مناسب، نهضت اسلامی را تداوم بخشیدند و به رشد سیاسی مردم کمک کردند. در آن برهه حساس که ملت ایران از شهادت آیت الله سید مصطفی خشمگین بودند، امام قدس سره دریافتند که اجتماعات بزرگی در نقاط مختلف کشور به این مناسب برپاست و گرم نگه داشتن این اجتماعات و بهره گیری شایسته از آن تنها با رهبری های حکیمانه امکان پذیر است؛ از این رو با یک سلسله اعلامیه ها و سخنرانی ها کوشیدند، این اجتماعات بزرگ سیاسی را گسترش دهند و با مغتنم شمردن فرصت پیش آمده، نگذارند مشعلی که با شهادت فرزندشان فروزان شده به خاموشی گراید.

اتحاد و یگانگی:

با این شهادت اتحاد چشمگیر و کم نظیری در ملت پدید آمد و عموم مردم، روحانیون، دانشگاهیان، سازمان ها و گروه های سیاسی و ...، یکپارچه پشت سر امام قدس سره به حرکت در آمدند که این خود از مهمترین عوامل در پیروزی انقلاب است.

امام خمینی(ره) در پیامی به مناسبت چهلم سید مصطفی خطاب به ملت ایران فرمودند: «این طور قضایا مهم نیست، خیلی پیش می آید، برای همه مردم پیش می آید و خداوند تبارک و تعالی الطافی دارد به ظاهر و الطافی خفیه است. یک الطاف خفیه ای خدای تبارک و تعالی دارد که ما علم به آن نداریم اطلاعی بر او نداریم، و چون ناقص هستیم از حیث علم، از حیث عمل از هر جهتی ناقص هستیم. از این جهت در این طور اموری که پیش می آید جزع و فزع می کنیم، صبر نمی کنیم، این برای نقصان معرفت ماست به مقام باری تعالی. اگر اطلاع داشتیم از آن الطاف خفیه ای که خدای تبارک و تعالی نسبت به عبادش دارد و «انه لطیف علی العباد» و اطلاع بر آن مسائل داشتیم، در این طور چیزهایی که جزیی است و مهم نیست، آن قدر بی طاقت نبودیم، می فهمیدیم که مصالحی در کار است، یک الطافی در کار است، یک تربیت هایی در کار است». 

حاج آقا مصطفی خمینی در کلام امام خامنه ای

«مصطفی، امید آینده ما و خمینیِ آینده ایران بود. آن استعداد و دانش زیاد، روحیه بسیار خوب و عالی و اندیشه درست، می توانست برای آینده ایران ذخیره ای پایان ناپذیر باشد و حادثه شهادت، می توانست نشان دهنده شخصیت معنوی او باشد.»