یونسی در مصاحبه خود با روزنامه شرق گفته بود: «عده‌ای خیال می‌کردند نماد شیر و خورشید در میان پرچم ایران یک نماد سلطنتی است اما اینگونه نیست. شیر نماد حضرت علی(ع) و خورشید نماد حضرت محمد(ص) است و تنها تاجش مربوط به شاه بود. وزیر سابق اطلاعات اضافه کرد که «اگر به من باشد، هلال احمر را تغییر می‌دهم و شیر و خورشید را جایگزین آن می‌کنم؛ البته برای هلال احمر هم احترام قائلم.»

این اظهارات یونسی اعتراض بسیاری از فعالین و مقامات سیاسی را به دنبال داشت و مردم در شبکه های اجتماعی نیز واکنش‌های منفی نسبت به این اظهارات نشان دادند.

در همین راستا یکی از سایت‌های حامی دولت نیز در یادداشتی انتقادی به نقد صحبت‌های یونسی پرداخت و اظهارات وی را به ضرر مصالح و منافع ملی دانست که با "اصول و چارچوب­های استوار انقلاب اسلامی، اندیشه امام خمینی و رهبری و همچنین اعتقادات راسخ و برنامه های پراهمیت رییس جمهور" همخوانی ندارد.

این سایت در ادامه می نویسد: "فارغ از انگیزه های جناب یونسی و مراد ایشان از «فرهنگ ایران» ؛ سئوال اساسی اینجاست که این ادعاهای عجیب و بی پروا، کجای دغدغه ی مردم ایران و کجای دل مشغولی­های نخبگان و اندیشمندان است؟"

این رسانه‌ی حامی دولت در ادامه با یادآوری برخی بحران‌ها و تندروی‌ها صورت گرفته در دولت اصلاحات و مشکلاتی که عناصر افراطی بری دولت ایجاد کردند می‌نویسد: "حال جناب آقای یونسی! حضرتعالی که اتفاقاً وزیر اطلاعات بخشی از ایام اصلاحات بودید و از ریز اتفاقات آن روزها اطلاع کافی دارید، چگونه به خود اجازه می دهید تئوری منکوب و شکست خورده آن ایام را به نام دولت اعتدال پیاده کنید؟! سرانجام آن همه تندروی­ها ، اقدامات خشن ، ترویج مواضع رادیکال ، تندخویی و گاه هتک انقلاب چه شد؟..... چه خوب است که حضرات، به جای دست یازیدن به حرکات خام و نارس، گذشته و پیشینه ایران و ایرانی را بازخوانی کنند و از حوادث گذشته تاریخ درس عبرت بیاموزند."

قبل از این نیز مرتضی اشراقی، نوه حضرت امام در پاسخ به صحبت‌های علی یونسی (پیرامون علامت شیر و خورشید در پرچم ایران بخشی از خاطرات پدرش(مرحوم آیت الله شهاب الدین اشراقی) را که مربوط به مأموریت ایشان در زمینه پاکسازی ادارات از مظاهر طاغوتی از جمله آرام و نشانه‌های شاهنشاهی بود منتشر ساخته بود و به صورت تلویحی اعتراض خود را به این صحبت‌های یونسی نشان داده بود.

لازم به ذکر است که امام خمینی(ره) نیز در تاریخ 57/12/10 در مدرسه فیضیه قم و در جواب به افرادی که خواهان ماندگاری نمادهای سلطنتی در کشور بودند می فرمایند: «غرب ما را خوار کرد؛ غرب روحیات ما را از بین برد. ما را غربزده کردند؛ ما این غربزدگی را می‏‌زداییم.ما با ملت ایران، با همراهی ملت ایران، با پشتیبانی ملت ایران،تمام آثار غرب را ـ تمام آثار فاسده، نه آثاری که تمدن است ـ تمام اخلاق فاسدۀ غربی را، تمام نَغَمات باطلۀ غربی را خواهیم زدایید. ما یک «مملکتِ محمدی» ایجاد می‏‌کنیم.بیرق ایران نباید بیرق شاهنشاهی باشد، آرم‌های ایران نباید آرم‌های شاهنشاهی باشد؛باید آرم‌های اسلامی باشد. از همۀ وزارتخانه‌‏ها، از همۀ ادارات، باید این "شیر و خورشید"منحوس قطع بشود؛ عَلَم اسلام باید باشد. آثار طاغوت باید برود. اینها آثار طاغوت است؛ این تاج آثار طاغوت است؛ آثار اسلام باید باشد.»