یکی از بحث های داغ انقلاب مشروطه، روابط علمای نجف با جنبش مشروطیت است. برخی معتقدند که علمای نجف کاملا با جریان مشروطه به موافقت برخاستند و در نقش حامیانی بی چون و چرا، نیروهای مشروطه خواه را پشتیبانی می کردند. با این همه ذکر این خاطره از آقانجفی قوچانی که در آن گوشه ای از نظرات آخوند خراسانی -رحمة الله علیه- را نیز بازگو می کند خالی از لطف نیست.

روزی یکی از طلبه‌ها به آقانجفی گفت: «تو از حواریون آخوندی. آخوند، [طرفدار] مشروطه‌ی اعتدالی است نه انقلاب دموکرات و ظاهر بیان شما المیل الی الدموکرات؟» آقا نجفی به او گفت: « آقای آخوند اجل شانا از این است که در حقوق مدنیه تقدیم اشراف نماید، و حق رنجبر و کارگر را ضایع و اغتصاب نماید... نعم قیل من مرامات تلک الطائفه التفکیک بین القوة القضائیة و الروحانیة، فانکره دام ظله، لکونه بمعزل عن الحق و مرصی بعید، و نحن اهل المعنی، غیرمقیدین بالاسامی و الالفاظ المستحدثة بل قید طوق کریمة انما المومنون اخوة و المواسات و المساوات من لوازم الاخوة.»

متن خاطره را بی کم و کاست نقل کردیم اما آقانجفی در این بیان به دو نکته اشاره می‌کند:

نخست اینکه؛ او به پیروی از آخوند، با نظریات مشروطه‌خواهان رادیکال و غرب‌زده مخالفت می‌کند و تفکیک شرع و عرف در مسائل حکومتی را با عقاید خود ناسازگار می‌شمارد.

و دوم اینکه، میل به تقلید تمام و کمال از غربیان و اخذ مبانی سیاسی از آن‌ها را نیز رد می‌کند و معتقد است اگر هم از مشروطه حمایتی صورت می‌گیرد بر پایه مبانی اعتقادی و دینی است و نه تقلید و الگوبرداری از فرنگیان.

از بیان آقا نجفی به دست می‌آید که ایشان از طریق بیت آخوند خراسانی، اخبار مربوط به انقلاب مشروطه را به دست می‌آورده و از اختلاف‌های مبنایی کاملا باخبر بوده است. از این رو نظریه دموکرات‌ها مبنی بر تفکیک قوای قضایی و روحانی برای ایشان شناخته شده بود و از نظر آخوند مبنی بر مخالفت با این نیز آگاه بود. براین اساس با نگاه تقلیدی به غرب مخالفت می‌کرد و در جایی گفته است: « در صورتی که مقلد اروپائیان بشویم، دنیا بالاخره خراب و پر هرج و مرج [می‌شود] و با خرابی دنیا آخرت هم خراب و دیانت هم مضمحل گردد. خوب است این شیعه‌خانه، یعنی ایران، در زندگی دنیا پیروی از اروپایی نکند.»