شهدای ایران:سعیدشهرابی فراهانی تحلیل گرسیاسی.امنیتی.بین الملل نوشت:عمده ترین تفاوت اندیشکده با پژوهشکده در ساختار کلی آن ها و همچنین در هدف و مخاطبانشان است. در پژوهشکده همان طور که از نام آن پیداست، فعالیت مؤسسه بر روی انجام پژوهش، مطالعه و تحقیق علمی متمرکز است اما در اندیشکده فعالیت موسسه بر روی فکر و ایده متمرکز شده است. هدف پژوهشکده ها توسعه علم است اما هدف اندیشکده ها کاربردی کردن علم است و در نهایت مخاطبان پژوهشکده ها، محققان و پژوهشگران هستند اما مخاطبان اندیشکده ها سیاستگذاران، مدیران و مردم هستند. تنها شباهت میان اندیشکده ها و پژوهشکده ها در توجه به علم است.
اندیشکده در حوزه پژوهش های راهبردی و حل مسائل کلان فعالیت می کند، اما پژوهشکده در حوزه گسترش و ترویج علم فعالیت می کند.
اندیشکده سازمانی است که به تحلیل پژوهش های انجام شده می پردازد و نتایج حاصل از این پژوهش ها را در قالب سیاست و دستورالعمل در اختیار سیاستگذاران و مدیران و همچنین مدل های عملیاتی و اجرایی برای مردم و مسئولان قرار می دهد. اما پژوهشکده سازمانی است که به مطالعه، تحقیق و پژوهش می پردازد و نتایج حاصل از مطالعات را در قالب مقاله و نظریه های علمی و مدل های تجریدی در اختیار محققان و پژوهشگران قرار می دهد.
اندیشکده ها گروه یا موسساتی هستند که باهدف انجام پروژه های مطالعاتی راهبردی و حل مسائل کلان کشور تاسیس شده اند و با ارزیابی سیاست های موجود، تصمیمات سیاستی جدیدی را پیشنهاد می دهند. پژوهشکده ها نیز در شکل یک گروه و یا موسسه که برای ترویج علم و دانش تأسیس شده و با مطالعه و تحقیق و پژوهش، مسیر علم آموزی و کسب دانش را هموار می سازند.
اندیشکده ها، سازمان های تحلیل پژوهش های انجام شده در حوزه سیاست عمومی هستند که با تمرکز بر سیاستگذاری به تولید تحقیقات، تحلیل و ارائه توصیه های سیاستی در مورد مسائل داخلی و خارجی کشور پرداخته و این امکان را برای سیاستگذاران فراهم می آورند تا با اتکا به اطلاعات لازم در مورد سیاست های عمومی تصمیم گیری کنند. اما پژوهشکده ها از چنین ساختاری برخوردار نیستند.
اندیشکده نهادی است که تحقیقات پایه و کاربردی را که محققان و پژوهشگران انجام داده اند را به زبانی قابل فهم، مورد اعتماد و دست یافتنی برای سیاستگذاران و مردم ترجمه می کند. درحالی که پژوهشکده ها تحقیقات علمی را خودشان ایجاد می کنند.
شناسایی زودهنگام مسائل جدید و مهم از دیگر فعالیت های شاخص اندیشکده ها است که پیش بینی می کند جامعه در آینده با آن ها روبه رو خواهد شد و بر همین اساس اندیشکده ها در پی جلب توجه سیاستگذاران هستند اما پژوهشکده ها به طور عمومی به بررسی و تحقیق در زمینه مسائل موجود در زمان حال می پردازند.
به طورکلی اندیشکده ها مکان هایی برای انتقال تجربیات سیاستمداران بلندپایه دولتی و صاحب نظران هستند که از طریق برگزاری جلسات هم اندیشی، سمینار و… از تجربیات و نظریات آن ها برای استفاده در توصیه های سیاستی آتی استفاده می کنند.
پژوهشکده ها به طور معمول از طریق سفارش هایی که از طرف دانشگاه ها به آن ها داده می شود به تحقیق و پژوهش در همان موضوع مشخص پرداخته و محصول گردآوری شده را در قالب مقاله در اختیار محققان و پژوهشگران دانشگاهی قرار می دهند و از این طریق باعث ترویج علم می شوند.
اندیشکده ها به طور معمول به دنبال کشف مسائل مهم در تمامی موضوعات جامعه و ارائه راهکار و روش های راهبردی و کاربردی بوده که برای این مهم زبان علم را به زبانی ساده، گویا و قابل فهم تبدیل نموده و در نهایت یافته های خود را در اختیار سیاستگذاران، مدیران و مردم قرار می دهند.
به طورکلی می توان این طور عنوان کرد که تمرکز عمده پژوهشکده ها بر ارائه داده های علمی به صورت تئوری است و تمرکز عمده اندیشکده ها بر بررسی داده های علمی به صورت عملی و اجرایی است.