آتش‌سوزی مسجد الاقصی در ۳۰ مرداد ماه ۱۳۴۸ واکنش گسترده‌ی مراجع، علما و مسلمانان جهان را برانگیخت. این فاجعه که هتک حرمت قبله‌ی اول مسلمین توسط رژیم صهیونیستی محسوب می‌شد به شدت از سوی عموم مسلمین محکوم شد.
شهدای ایران:به نقل از مرکز اسناد انقلاب اسلامی، آتش‌سوزی مسجد الاقصی در ۳۰ مرداد ماه ۱۳۴۸ واکنش گسترده‌ی مراجع، علما و مسلمانان جهان را برانگیخت. این فاجعه که هتک حرمت قبله‌ی اول مسلمین توسط رژیم صهیونیستی محسوب می‌شد به شدت از سوی عموم مسلمین محکوم شد.
در گنجینه اسناد انقلاب اسلامی، سندهایی در همین رابطه موجود است که در ادامه به بخشی از آن‌ها اشاره می‌شود.
آیت‌الله سید محمدرضا گلپایگانی از جمله مراجعی بود که شدیدترین واکنش‌ها را در این رابطه داشت. در متن اعلامیه‌ی آیت‌الله گلپایگانی آمده بود:
« لَتَجِدَنَّ أَشَدَّ النَّاسِ عَدَاوَةً لِّلَّذِينَ آمَنُوا الْيَهُودَ وَالَّذِينَ أَشْرَكُوا ( آیه ۸۱ سوره مائده)
جامعه‌ی روحانیت شیعه و حوزه‌ی علمیه‌ی قم سانحه‌ی دلخراش و فاجعه‌ی جبران‌ناپذیر آتش‌سوزی مسجد اقصی را به پیشگاه حضرت ختمی‌مرتبت صلی‌الله‌علیه‌وآله وسلم که قلب مقدسش از این مصیبت بزرگ جریحه‌دار شده تسلیت عرض می‌نماید. برای اظهار تأثر و ابراز تنفر از اعمال دشمنان اسلام و اشغالگران اماکن مقدسه اسلامی، اسرائیل و متجاوزین یهودی عصر روز جمعه ۱۵ جمادی‌الثانی در مدرسه‌ی فیضیه مجلسی برقرار است.
سزاوار است حضرات علما اعلام و عموم مسلمین در شهرستان‌ها بلکه سایر ممالک اسلامی عزای عمومی اعلام نموده و با تشکیل و شرکت در اینگونه مجالس همدردی و پشتیبانی خود را با برادران مسلمان علیه صهیونیسم و عمال استعمار اعلام نمایند! اِنَّ الله عزیز ذوانتقام. محمدرضا الموسوی گلپایگانی»
از سوی دیگر روحانیون مبارز به ویژه آیت‌الله طالقانی در سخنرانی‌ها و درس تفسیر خود در مسجد هدایت به این حادثه واکنش نشان دادند. در گزارشی از ساواک آمده است:
«موضوع - جلسه بحث و تفسیر هفتگی مسجد هدایت و سخنرانی سید محمود طالقانی
جلسه بحث و تفسیر هفتگی مسجد هدایت بعد از ظهر روز ۶/۶/۴۸ تشکیل گردید عده‌ی افراد ٢۰٠ نفر بود که در بین آنان سید محمود طالقانی - مهندس مهدی بازرگان - دکتر عباس شیبانی - سید ابراهیم موسوی - داریوش چوبک - محمود محسنی - امیرخانی - اسماعیل کریمخانی - خلیل شالچی - محمد صادق قاضی طباطبائى - اله مراد مروج - احمد رضائی - محمد مهدی اندوهی - محمد علی یزدان پناه – محمدعلی هوشیار قیومی شناخته شدند.
پس از نماز جماعت که توسط طالقانی برگزار شد نامبرده بتفسیر قرآن از سوره نسا پرداخت و افراد پیرامون محراب گرد طالقانی جمع شدند ناطق اشاره به فرق بین انسان و حیوان و وظائف آنان نمود و بطور مشروح توضیح داد که تنها فرق انسان و حیوان عقل و اندیشه او است و با داشتن عقل باید راه را از چاه تشخیص دهد و هر روز نسبت بروز پیش پیشرفتی حاصل نماید بشر یا باید جلو برود و یا بازایستد اگر قرار شد پیش برود، پس چرا جلو نرفته است اگر ما در زندگی یکقدم جلو میرفتیم ملت مسلمان باین بدبختی حاد دچار نمیشد چرا مردم اسلام برای مسجد الاقصی دچار هیجان شده اند چون دارای عقل و اندیشه‌اند و چرا بایستی مسجد را آتش بزنند و مردم تا چند باید اینگونه در جهان زورآزمایی کنند ناطق در ساعت ۲۱۰۰ باظهارات خود خاتمه داد و افراد بتدرین خارج گردیدند –
نظریه رهبر عملیات - با توجه بگزارش خبری دیگری که ایفاد گردیده مفاد خبر مورد تائید است ـ»
اما یکی از جالب‌ترین واکنش‌ها در این زمینه، تلگراف مسلمانان رومانی به آیت‌الله شریعتمداری درباره‌ی فاجعه‌ی آتش‌سوزی مسجدالاقصی است که توسط شهربانی رژیم پهلوی گزارش شده است.
متن این گزارش به شرح زیر است:
«تیمسار ریاست شهربانی استان مرکز - رونوشت شهربانی کل کشور ریاست اداره اطلاعات
محترما یكفقره تلگراف بخط و زبان انگلیسی وسیله تلگرافخانه قم بعنوان آیت الله شریعتمداری رسیده که ترجمه آن بشرح زیر میباشد ( از کانستانزا شماره ۱۱ - ۱۵۲ - ۱۵۷ - ۲۹ - ۱۳۳۵ - حضرت ایتاله شریعتمدار قم جهت استحضار مقام والامرتبه پیشوای بزرگ اسلام - ایران - تهران خبر اتش‌سوزی مسجد الاقصی در اورشلیم که قبله اول مسلمانان جهان است موجب اندوه و خشم بزرگ جامعه مسلمان و دولت و ملت رومانی گردیده است دولت و ملت رومانی قویا این اقدام غیر انسانی و وحشیانه را تقبیح و سرزنش نموده و مصرانه درخواست کیفر گناهکار را دارد و نیز اشعار میدارد کلیه اعمال و اقداماتی که موجب پیوستگی کامل مسلمانان جهان و ایجاد حسن روابط در خاورمیانه و همچنین حل مسالمت‌آمیز مسائل ان منطقه بمنظور رفاه حال مردم و پیدایش صلح و امنیت بین‌المللی میگردد مورد تائید پیشوای بزرگ مسلمانان رومانی حضرت یعقوب محمد وكليه مسلمانان وفادار کشور جمهوری سوسیالیستی رومانی است) استحضاراً عرض. سرهنگ۲حقیقت.»
