شهدای ایران:حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای در پیامی با تبریک و تسلیت شهادت و فقدان دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی جناب آقای محسن فخری‌زاده، بر مجازات قطعی عاملان و آمران این جنایت و همچنین لزوم پیگیری تلاش علمی و فنی این شهید تأکید کردند.

متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم‌ا... الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور، جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر، جان عزیز و گرانبها را به‌خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست.  دو موضوع مهم را همه‌ دست‌اندرکاران باید به‌جد در دستور کار قرار دهند؛ نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ بخش‌هایی که وی به آنها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۸ آذر ۹۹