دادستان تهران وقت تهران در ۲۱ بهمن ۹۶، در توضیح این بازداشت مدنی و ۶ جاسوس محیط زیستی دیگر گفته است: «متهمان پرونده با هدایت افسران اطلاعاتی سیا و موساد مأموریت‌های سه‌گانه‌ای را شامل موضوعات زیست‌محیطی، نفوذ در جامعه علمی ایران و جمع‌آوری اطلاعات از اماکن حساس و حیاتی کشور ازجمله پایگاه‌های موشکی کشور، دنبال می‌کرده‌اند» و «برخی متهمان به انجام سفرهای متعدد به سرزمین‌های اشغالی ازجمله به‌منظور شرکت در کنفرانس منارید که با حضور افسر اطلاعاتی موساد در رژیم صهیونیستی برگزارشده، اقرار و اذعان کرده‌اند».طبق توضیح مقام قضایی وقت، اعضای این شبکه در برخی از مناطق استراتژیک کشور تعدادی دوربین در ظاهر برای رصد امور زیست‌محیطی نصب‌کرده بودند که درواقع پوششی برای رصد فعالیت‌های موشکی کشور بوده و تصاویر و اطلاعات ثبت‌شده را برای بیگانگان ارسال می‌کرده‌اند.

در ۲۷ فرودین ۹۷، اخباری منتشر شد که معاون سابق بین‌الملل، نوآوری و مشارکت فرهنگی-اجتماعی سازمان حفاظت محیط‌زیست، کاوه مدنی کشور را ترک کرده است. این در حالی بود که او درروند تحقیقات قضائی درباره پرونده جاسوسی محیط‌زیست قرار داشت و خروج او از کشور، یک اتفاق ساده نبود. بعدتر، در ۹ اردیبهشت آن سال، حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای، سخنگوی وقت دستگاه قضا، در نشست خبری خود گفت که به‌صورت قانونی از کشور خارج‌شده و تقاضای رفع ممنوع‌الخروجی وی توسط معاونت ذی‌ربطی در وزارت اطلاعات صورت گرفته است.

ازجمله اتفاقات مهم در آن زمان مواضع عیسی کلانتری رئیس سازمان محیط‌زیست در دفاع از کاوه مدنی بود. کلانتری، کسی از روز اول بازداشت متهمان جاسوسی، تا آخرین روز حضور در دولت به‌صورت سفت‌وسخت از آن‌ها دفاع کرده و نهاد امنیتی و قوه قضائیه را بابت این قضیه تخطئه می‌کرد.

پس از متواری شدن مدنی از ایران؛ محمود صادقی نماینده لیست امید در مجلس دهم در توئیتی با ردگم‌کنی و نخبه خواندن کاوه مدنی نوشت «امروز از یک منبع موثق شنیدم کاوه مدنی معاون سازمان حفاظت محیط‌زیست، ایران را ترک کرده است. همسر او نیز که ممنوع‌الخروج شده بود با رفع ممنوع‌الخروجی کشور را ترک کرد. درس عبرتی برای نخبگان ایرانی مقیم خارج از کشور!»

نزدیک به سه سال پس از فراری دادن کاوه مدنی از ایران؛ حضور او در یک همایش صهیونیستی با مشارکت بخش گسترده‌ای از ضدانقلاب، این سؤال را در رسانه‌ها مطرح کرده است که ن یکی از سر شبکه‌های اصلی جاسوسی و نفوذ در داخل را فراری داده‌اند، سطح نفوذ این افراد در دولت وقت به حدی بوده است که جیسون رضاییان جاسوس هسته‌ای در شرح آن نوشته است که حتی مزه آدامس پرزیدنت ایران (حسن روحانی) را نیز می‌دانستیم!