به گزارش شهدای ایران، با پیروزی انقلاب اسلامی، آیت‌الله شبستری به نمایندگی از مردم آذربایجان شرقی به عضویت مجلس خبرگان رهبری درآمد و در جلسه خرداد 68 مجلس خبرگان رهبری ایشان جزء نخستین فقهایی بود که با صراحت، آیت‌الله خامنه‌ای را به‌عنوان ولی‌فقیه پس از امام خمینی(ره) شایسته دانست.

اعتراض بلند آیت الله شبستری به هاشمی رفسنجانی
آیت‌الله مجتهد شبستری در خاطرات خود درمورد این واقعه‌ تاریخی به نکات ارزشمندی اشاره می‌کند، ازجمله اینکه در جلسه 14 خرداد خبرگان رهبری آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی تا آخرین لحظات تمایلی به بیان توصیه‌های امام خمینی(ره) درمورد شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای تصدی مقام رهبری و ولایت‌فقیه نداشتند آیت‌الله مجتهد شبستری درخصوص این ماجرا می‌گوید: «بعدازظهر جلسه تشکیل شد. ابتدا راجع به شورایی شدن رهبری صحبت شد، زیرا آن موقع در قانون اساسی، رهبر یا شورای رهبری قید شده بود.

در آن جلسه چنین مطرح شد که اگر شورای رهبری رای بیاورد، کشور به‌واسطه شورا اداره شود. من براساس این صحبت‌ها فهمیدم که کار به درازا می‌انجامد، لذا یادداشتی نوشته و به هیات‌رئیسه فرستادم و نوشتم این بحث را کوتاه کنید و مطالبی را که امام درمورد آیت‌الله خامنه‌ای فرموده بودند، مطرح شود. من یادداشت را به آقای طاهری‌خرم‌آبادی [منشی جلسه] فرستاده بودم و او هم نوشته مرا به آقای رفسنجانی داده بود. آقای رفسنجانی گفته بود فعلا صبر کنید بحث شورا به‌جایی برسد و اگر شورا رای نیاورد و افراد مطرح شدند، این موضوع را مطرح می‌کنیم. من ساکت نشستم تا بحث شورا به اتمام برسد. شورا بالاخره رای نیاورد. البته عده‌ای در اقلیت مایل به رهبری شورا بودند اما من از همان ابتدا با رهبری شورا موافق نبودم و با مخالفان بحث کردم و عوارض رهبری شورا را بر ایشان توضیح دادم که با اختلاف‌نظر بین شورا مملکت فلج می‌شود؛ پس بهتر است رهبری واحد حاکم باشد.

پس از روشن شدن تکلیف بحث شورا افراد را مطرح کردند. عده‌ای آیت‌الله گلپایگانی را پیشنهاد کردند و من دوباره از جا برخاستم و با صدای بلند به آقای هاشمی اعتراض کردم و گفتم من یادداشتی را به شما داده‌ام و الان وقت قرائت آن رسیده، پس آن را بخوانید. آقای رفسنجانی نوشته مرا خواندند و گفتند آقای شبستری می‌خواهد من که حضور داشتم و جزء شهود بودم توصیه‌های امام را در مورد آیت‌الله خامنه‌ای نقل کنم.»