اقبالی‌دوگاهه در یکم آبان‌ماه 1359 زمانی که لیدر یک دسته دو فروندی هواپیمای اف-5 را به عهده داشت، در یک ماموریت برون‌مرزی با هدف بمباران یکی از سایت‌های راداری موصل به همراه همرزم خلبانش از زمین برخاست و پس از رسیدن به منطقه و عدم مشاهده هدف بلافاصله هدف ثانویه را که پادگان العقره در حوالی پایگاه هوایی کرکوک عراق و ایران بود، تغییر مسیر داد و در ساعت تعیین شده روی هدف ظاهر شد و در پایان این عملیات موفقیت‌آمیز، رادار راهبردی دشمن پرنده آهنین شهید اقبالی را نشانه رفت و هواپیمای وی به شدت مورد اصابت موشک قرار گرفت.

پرنده زخمی که خلبان جوان آن را به زحمت به 30 کیلومتری شرق موصل نزدیک مرز ایران رسانده بود، سقوط کرد و اقبالی دوگاهه با چتر نجات هواپیما را ترک کرد و به اسارت دشمن بعثی درآمد.

خلبان جوان و دلیر ایران‌زمین پیشتر تلمبه‌خانه‌ها و نیروگاه‌های برق عراق را از کار انداخته بود و طرح‌های عملیاتی وی موجب شده بود تا صادرات 350 میلیون تنی نفت عراق به صفر برسد. به همین منظور صدام جنایتکار به خون این شهید تشنه بود و صدام لعین دستور داد پس از دستگیری اقبالی بدنش را دو نیمه کردند و نیمی از پیکر مطهرش در نینوا و نیمی دیگر در موصل عراق مدفون شد.

شهید اقبالی دوگاهه توسط عناصر مزدور رژیم بعث عراق با بی‌رحمانه‌ترین وضعیت به شهادت رسید. این جنایت به حدی وحشیانه بود که رژیم بعثی در تلاشی بی‌شرمانه برای سرپوش گذاشتن بر این جنایت هولناک، تا سال‌ها از اعلام سرنوشت آن شهید مظلوم خودداری می‌کرد و در مدت 22 سال هیچ‌گونه اطلاعاتی از سرنوشت وی موجود نبود تا اینکه در خرداد سال 1370 طبق گزارش‌های موجود عملیاتی و اطلاعاتی و نامه ارسالی کمیته بین‌المللی صلیب سرخ جهانی مبنی بر شهادت ایشان و اظهارات دیگر اسرای آزاد شده و خلبانان اسیر عراقی، شهادت خلبان علی اقبالی دوگاهه محرز شد.

دشمن بعثی عراق بخشی از پیکر مطهر شهید اقبالی دوگاهه را در گورستان محافظیه نینوا و بخش دیگر را در قبرستان زبیر شهر موصل به خاک سپرده بود که با پیگیری کمیته جستجوی اسرا و مفقودین و کمیته بین‌المللی صلیب سرخ جهانی به همراه دیگر خلبانان شهید نیروی هوایی در پنجم مرداد سال 81 پس از 22 سال دوری از وطن در بین حزن و اندوه یاران و همرزمان به میهن اسلامی بازگشت و در بهشت زهرا (س) تهران کنار دیگر همرزمان شهیدش آرام گرفت.