دو دوره دستگیری و انتقال به زندان و بی مهری 

شهید رجایی دو دوره توسط ساواک دستگیر میشود، نخستین بار در سال۱۳۴۱در قزوین دستگیر و به زندان منتقل شد و پس از مدت ۵۰روز آزاد شد. 

برای بار دوم در ۶آذر ۱۳۵۳به دلیل کتاب‌ها و جزوه های مبارزاتی که در خانه خواهرش پنهان کرده و خواهر زاده اش بدون اطلاع شهید رجایی در دانشگاه توزیع می‌کرد دستگیر و تا سال۱۳۵۷در زندان باقی ماند. 

مدت بیست ماه در بازجویی و سلول انفرادی نگه داری می‌شد اما تحت سخت ترین شکنجه‌ها نیز همواره مقاومت می‌کرد. 

آیت الله هاشمی رفسنجانی دراین مورد می‌گوید: ما در تمام دوران مبارزه از سال 41 تا 57 هیچ موردی را سراغ نداریم که یک نفر بیست و چند ماه در یک سلول بماند و مرتب زیر شکنجه باشد و به رژیم حرفی نزند. من پیش ایشان اسراری داشتم که اگر فاش می‏‌کرد بنده را هم اعدام می‌کردند. 

از شکنجه‏‌های ساواک در مورد این شهید آن بود که در فصل سرما وی را به صورت عریان در سلول نگه می‏‌داشتند و به او اجازه نمی‏‌دادند از لباس‌های معمولی زندان استفاده کند، تا جایی که هر کسی بر روی در سلول لباس آویزانی می‏‌دید می‌فهمید در این سلول شهید رجایی است. 

شهید رجایی در زندان مورد بی مهری گروه‌های مختلف قرار می‌گرفت با این حال در آن شرایط سخت نیز دست از فعالیت برنداشته و عناصر ساده و جوان هوادار مجاهدین خلق را به گروه مبارزین سیاسی خط ولایت با رهبری روحانیت و حضرت امام دعوت می‌کرد. 

پس از آزاد شدن از زندان در آبان 1357 با تأسیس انجمن اسلامی معلمان مبارز، به مبارزه علیه رژیم پرداخت. 

پس از آزادی از زندان فعالیت‌های سیاسی و مبارزاتی خود را ادامه داد و در کمیته استقبال از امام خمینی(ره) و تدارک مراسم راه پیمایی ها به فعالیت پرداخت و از مدرسه رفاه به عنوان نقطه عطف فعالیت‌ها استفاده می‌کرد و در همین مدرسه بود که بازجویی از سران رژیم و ساواک را بر عهده گرفت. 

البته از برخورد کینه ای و مقابله به مثل با آنها پرهیز کرد و اجازه داد دادگاه انقلاب درموردشان تصمیم گیری کند. 

وصیت نامه ۲۰روز پیش از شهادت 

بسم الله الرحمن الرحیم 

این بنده کوچک خداوند بزرگ با اعتراف به یک دنیا اشتباه، بی‌توجهی به ظرافت مسئولیت از خداوند رحیم طلب عفو و از همه برادران و خواهران متعهد تقاضای آمرزش خواهی می‌کنم. 

وصیت حقیقی من مجموعه زندگی من است. به همه چیزهایی که گفته‌ام و توصیه‌هایی که داشته‌ام در رابطه با اسلام و امام با انقلاب تأکید می‌نمایم. 

به کسی تکلیف نمی‌کنم ولی گمان می‌کنم اگر تمام جریان زندگی مرا به صورت کتاب در‌آورند برای دانش‌آموزان مفید باشد. 

هر چه از مال دنیا دارم متعلق به همسر و فرزندانم می‌باشد. کیفیت عملکرد را طبق قانون شرع به عهده خودشان می‌گذارم. برادرم محمدحسین رجایی وصی و همسرم ناظر و قیم باشند. 

خدای را به وحدانیت، اسلام را به دیانت، محمد(ص) را به نبوت و علی و یازده فرزندان معصومین علیهم‌السلام را به امامت و پس از مرگ را به قیامت و خدای را برای حسابرسی به عدالت قبول دارم و از دریای کرمش امید عفو دارم. 

این مختصر را برای رفع تکلیف و تعیین خط ‌مشی برای بازماندگان و بر حسب وظیفه شرعی نوشتم وگرنه وصیت‌نامه این‌ بنده حقیر با این همه تحولات در زندگی در این مختصر نمی‌گنجد. 

و مکه، حج بیت الله بر من واجب شده بود امکان رفتن پیدا نشد. اینک که به لقاءالله شتافتم این واجب را یکی از بندگان صالح خداوند به عهده بگیرد. 

ثلث اموال به تشخیص بازماندگان به «خیرالعمل» صرف شود و اگر به نتیجه قطعی نرسیدند به بنیاد شهید بدهید. (محمدعلی رجایی) 

بیانات امام خمینی(ره) درباره شهید رجایی و باهنر 

«ملت ما چون علی بن ابی طالب را فدا کرده است از برای اسلام، فدا کردن امثال این شهدا برای ملت ما یک مسئله مهم نیست، گرچه خود واقعه و خود این افرادی که شهید شده‌اند در نظر همه ما عزیز و ارجمندند؛ و آقای رجایی و آقای باهنر هر دو شهیدی که باهم در جبهه‌های نبرد با قدرتهای فاسد همجنگ و همرزم بودند. 

مرحوم شهید رجایی به من گفتند که من بیستسال است که با آقای باهنر همراه بوده‌ام و خداوند خواست که باهم از دنیا هجرت کنند و به سوی او هجرت کنند. 

بیانات رهبر معظم انقلاب درباره شهید رجایی و باهنر 

من، شهید رجایی را به عنوان یکی از اسوه های بزرگ تقوا و اخلاص و ایمان می شناسم. 

این دو عنصر خدمتگزار (رجایی و باهنر) را باید به عنوان عناصر فراموش نشدنی در تاریخ دولت و انقلاب خودمان همواره به یاد داشته باشیم. 

این دو بزرگوار، حقا و انصافا، از عناصر برگزیده و برجسته این کشور و نظام بودند. امتحان داده و دلسوز و مردمی بودند. وجودشان با آرمان‌های انقلاب آمیخته بود. طعم سختی ها را چشیده بودند. 

دوران مجاهدت و مبارزه برای پیروزی اسلام را با توفیقات و سربلندی پشت سر گذاشته بودند. همه اینها ارزش هایی بود که در این عزیزان وجود داشت. 

سخنی قابل تدبیر از زبان شهید رجایی/اگر میخواهید به من خدمت کنید دوره گردی و دست فروشی ام را یادآوری کنید 

شما اگر می خواهید به من خدمتی کنید گهگاهی به یادم بیاورید که: من همان محمد علی رجایی فرزند عبدالصمد، اهل قزوینم که قبلا دوره گردی می کردم و در آغاز نوجوانی قابلمه و بادیه فروش بودم.

هر گاه دیدید که در من تغییراتی بوجود آمده و ممکن است خود را فراموش کرده باشم همان مشخصات را در کنار گوشم زمزمه کنید. این تذکر و یادآوری برای من از خیلی چیزها ارزنده تر است.