از زمان حضور نجفی حاشیه های زیادی در شهرداری تهران ایجاد شد و یکی از مشکلات بحث انتصابات نجفی بود که داد هم حزبی هایش را هم درآورد.

در این مدت اکثر پروژه ها متوقف شده و عملا شهر تعطیل شده است.

یکی از اقدامات مثبت دوران نجفی حضور وی در جلسات هئیت دولت بود. اما این حضور به نام مردم و به کام دولت شد. 

یکی از عمده مشکلات کلان شهر تهران این بود که دولت برای توسعه مترو پولی پرداخت نمی‌کرد. دیون دولت در تمام زمینه ها به شهرداری تهران افزایش یافت. بر اساس اسناد دولت 14 هزار میلیارد تومان به شهرداری تهران بده کار است که 10 هزار میلیارد تومان آن الزام آور است.

البته نجفی در ابتدای حضورش منکر بدهی دولت به شهرداری شد ولی بعد از مدتی حرف خود را پس گرفت و بدهی 10 هزار میلیاردی دولت به شهراری تهران را تایید کرد اما معاون نجفی در این بین 5300 میلیارد تومان از بدهی را کم کرد و گفت میزان بدهی دولت به شهرداری 4700 میلیارد تومان است.(این درحالی است که اسناد 10 هزار میلیارد بدهی موجود است) کم شدن بدهی دولت به شهرداری ماحصل حضور مفید شهردار در جلسات دولت است به جای اینکه این جلسات به نفع مردم باشد به کام دولتی ها شد.

نجفی در 100 روز کاری خود نامه ای نوشت و از دولتی ها تشکر کرد و معتقد است فضای برادری بین دولت و شهرداری ایجاد شده است. 

محمد علی نجفی نوشت: امروز یکصدمین روزی است که بنده و همکارانم، سکانِ شهرداری تهران را در دست گرفته‌ایم؛ نهادی عمومی و خدمتگزار که نقش بی‌بدیلش در معادلات شهری و ملی بر هیچ کس پوشیده نیست. در طول این مدت شهرداری تهران مسائل و مشکلات گوناگونی را پشت سر گذاشته و افق‌های تازه‌ای را برای خود ترسیم کرده است که شرحِ آن بی‌شک در حوصله این مقال نیست؛ آنچه مرا به نگارشِ این یادداشت ترغیب کرد، فضای تازه و مشترکی است که در طول این 100 روز بین شهرداری تهران و دولتِ  دوازدهم شکل گرفته است؛ فضای تازه‌ای که مصادیقش کم نیست و من تلاش می‌کنم در این یادداشت گوشه‌هایی از آن را بازگو نمایم.

1. رأی مردم در انتخاباتِ معنادارِ ریاست جمهوری و شورای شهر و روستا، مسیر تازه‌ای را پیش روی مدیرانِ اجرایی کشور قرار داد؛ انتخابی استراتژیک که از یک سو تداوم راهِ دولتِ اعتدال را تثبیت و از سوی دیگر فضایی تازه را برای اداره شهرِ تهران مهیا کرد. همین رأی معنادار بود که حضورِ شهردار تهران را در جلسات هیأت دولت پس از نزدیک به 14 سال مهیا ساخت؛ حضوری بسیار مهم و راهبردی که هم می‌تواند موجباتِ طرح مسائل و دغدغه‌های کلانشهرِ تهران را در جمع هیأت وزیران مهیا سازد و هم زمینه حلِ آنها را فراهم آورد. تهران و سایر کلانشهرها مسائل مختلفی در حوزه‌های گوناگون دارند که دیدارِ چهره به چهره با وزرا و طرح هفتگی آنها، بی‌شک می‌تواند زمینه سازِ به نتیجه رسیدنِ مطلوب این مسائل را فراهم آورد.

2. همکاری دولت و شهرداری در حوزه بافت فرسوده شهری از مسائل مهمی بود که در طول این 100 روز به نتایج مهمی دست یافت. همان طور که روحانی هم در گزارش 100 روزه به آن اشاره کردند، دولت همکاری اثر بخش و مهمی را با شهرداری تهران در زمینه بافت‌های فرسوده آغاز کرده است و شخص رئیس جمهورِ  نیز در چندین جلسه مستقیماً شرکت کرده است. این موضوع نشان دهنده اهمیتِ بحث بافت‌های فرسوده برای مدیریت شهری و دولت  دوازدهم است و امیدوارم با تداوم رویکردِ کنونی، این موضوع به عنوان یکی از چالش‌های مهم شهر تهران به سرانجامی مطلوب دست یابد.

3. اجتماع عظیم اربعین صحنه دیگری از همکاری‌های دولت و شهرداری در 100 روز نخست فعالیتِ مدیریت جدید شهری بود؛ همکاری ای که نه تنها توانست امنیت، نظم،بهداشت و مسائلی از این دست را در بین زائران میلیونی حضرت امام حسین(ع) شامل شود، که از سوی دیگر توانست نشان دهنده نتایجِ یک همکاری دوجانبه و اثر بخش باشد. این همکاری نشان داد که می‌توان در سایه تعامل، هم به هم افزایی رسید و هم رضایتِ مردم را به عنوان ولی نعمتان ما فراهم آورد.

4. همکاری‌های دو جانبه شهرداری تهران با دولتِ  در طول این 100 روز، مصداق مهم دیگری هم داشت که یکی از آنها همکاری مشترکی بود که در حوزه حمل و نقل و ترافیک شکل گرفت. همه به خوبی می‌دانیم که حمل و نقل و ترافیک یکی از جدی‌ترین مشکلات شهروندانِ تهرانی است و تلاش برای کاهشِ مشکلات مربوط به آن یکی از جدی‌ترین وظایفِ همکارانِ من در شهرداری تهران. در طول این 100 روز، با نشست‌ها و جلسات مشترکی که با دولت  برگزار شد و وعده‌ها و قول‌هایی که درباره تعهدات مشترک دولت و شهرداری به یکدیگر مطرح شد، چشم‌انداز خوبی از توسعه خطوط مترو و کاستن از مشکلات مربوط به ترافیک مطرح شد؛ امیدوارم با تداوم وضعِ کنونی، این تعهدات هر چه سریعتر عملیاتی شود تا این معضلِ دیرپای شهری اندکی کاهش یابد؛ اتفاقی که همزمان می‌تواند نتایج مثبتی در کاهش آلودگی هوای تهران هم داشته باشد.

سخنانِ چند روز پیشِ ریاست  جمهوری در رسانه ملی در برنامه‌ای که برای ارائه گزارشِ 100 روزه دولتِ تدارک دیده شده بود، به ما این امیدواری را داد که همچنان می‌توانیم به همکاری‌های گسترده همه ارکان دولت با شهرداری تهران امیدوار باشیم. در اینجا لازم است تأکید کنم که ما نیز چون رئیس  جمهوری از «فضای برادری» که بین دولت و شهرداری در دوره جدید به وجود آمده است خوشحالیم و بر این باوریم این فضای تعاملی می‌تواند موجباتِ حل بخش زیادی از مشکلات و معضلات شهری را فراهم آورد و چشم اندازی روشن‌تر را پیش روی شهروندانِ تهران قرار دهد. امیدوارم در پایانِ این همکاری چهار ساله و در افقِ ایرانِ 1400، نتیجه تعاملِ دولت و شهرداری تهران، همان چیزی باشد که مردم از ما انتظار دارند.