به گزارش شهدای ایران،  محمد رضا باهنر در بخشی از گفتگوی خود با اعتماد گفت:(در مورد) رابطه سياسي من و آقاي احمدي‌نژاد. تقريبا همه مي‌گويند اينها در يك جريان بودند.
اما يك ذره كه ريز مي‌شويم، دو مساله است. نمي‌خواهم دفاع كنم. اولا ايشان زماني كه كانديداي رياست‌جمهوري شد، بنده رييس ستاد كسي ديگر بودم. معنايش اين بود كه ايشان را به عنوان رييس‌جمهور قبول نداشتم. بعد كه مرحله دوم رفتند، باز به عنوان جبهه پيروان خط امام و رهبري بيانيه داديم كه هر كدام از اينها بيايند، نكات مثبت و نكات منفي دارند و اصولگراها، شما آتش به اختيار به هر كسي خواستيد راي دهيد.

بعد كه ايشان انتخاب شد و به رياست‌جمهوري آمد، نخستين بودجه‌اي كه به مجلس داد، دعواي كارشناسي ما با اينها شروع شد. بحث‌هاي كارشناسي بود نه بحث مواضع التقاطي و چيزهاي ديگر. بحث‌هاي ما شروع شد. اما بالاخره بنده به عنوان آدمي كه اسم من اصولگراست و آقاي احمدي‌نژاد هم خاستگاهش اصولگرا بوده، ما تا ابد بايد پاسخگوي آقاي احمدي‌نژاد باشيم. در حالي كه با بسياري از كارهاي او مخالف بوديم.