مسجد جامع خرمشهر از گذشته‌های دور یکی از مراکز اصلی فرهنگی، اجتماعی و مذهبی این شهر بوده و حالا هم پس از گذشت سال‌ها از پایان جنگ، همچنان در خرمشهر مانند یك مركز ثقل عمل می‌كند.
به گزارش شهدای ایران به نقل از ایسنا، جنگ تحمیلی در تاریخ 31 شهریور سال 1359 آغاز شد و با توجه به موقعیت جغرافیایی خرمشهر و نزدیك بودن آن به مرز شلمچه، این شهر به یكی از اصلی‌ترین نقاط تهاجم بعثی‌ها تبدیل شد. در روزهای ابتدایی جنگ كه هنوز تشكیلات نظامی منسجمی برای مقابله با دشمن در كشور شكل نگرفته بود، این مردم خرمشهر بودند كه مقابل بعثی‌ها ایستادند و با دست خالی در برابر دشمن جنگیدند.
"محمد جهان‌آرا" فرمانده سپاه خرمشهر بود و در آن روزها خرمشهری‌ها خانه و كاشانه خود را ترك نكردند و درون شهر ماندند و با دشمن جنگیدند؛ مسجد جامع هم به مركز تجمع رزمنده‌ها و مدافعان شهر تبدیل شده بود و تا آخرین روز دفاع از شهر نیز مدافعان خونین‌شهر را در دل خود جا داد.
خرمشهری‌ها تا ۳۵ روز پس از آغاز جنگ مقابل ارتش بعث عراق مقاومت كردند و در این مدت مسجد جامع به نوعی به مركز فرماندهی تبدیل شده بود. بسیاری از تصمیم‌گیری‌های مهم برای مبارزه در این مكان انجام می‌شد و همچنین بخشی از مسجد نیز به شكل بیمارستان درآمده بود و افراد زخمی‌ها در این بخش از مسجد مداوا می‌شدند.
فشار ارتش عراق روز به روز بیشتر شد و سرانجام در تاریخ چهارم آبان‌ماه مدافعان شهر مجبور به عقب‌نشینی شدند و خرمشهر اشغال شد؛ ولی ماجرا به اینجا ختم نشد. مدافعان خونین‌شهر همچنان به مبارزه علیه دشمن ادامه دادند و سنگر مسجد جامع را حفظ كردند و سرانجام خرمشهر پس از ۵۷۸ روز آزاد شد.
در مدت اشغال خرمشهر این شهر تقریبا با خاك یكسان شد و بسیاری از خانه‌ها و ساختمان‌های این شهر فرو ریخت؛ نكته جالب اینجاست كه مسجد جامع خرمشهر اگرچه در این مدت مورد اصابت موشك‌های دشمن نیز قرار گرفت، ولی هیچ‌گاه از پا ننشست و تا روز آزادی خرمشهر، سایه خود را از مردم خرمشهر نگرفت. در آن روزها حدود 40 درصد بنای مسجد كاملا تخریب شد و حتی گلدسته‌های آن به‌طور كامل فرو ریخت. همچنین بر اثر اصابت گلوله توپ دشمن، گنبد مسجد نیز تاحدودی آسیب دید و گلوله اصابت‌كرده از گنبد وارد مسجد شد و تعدادی از نمازگزاران را به شهادت رساند.
این مسجد در روزهای پیش از اشغال خرمشهر به مرکز فرماندهی، تدارکات و گردهمایی مدافعان شهر تبدیل شده بود و به همین دلیل لقب "نماد مقاومت" را به خود گرفت و اكنون نیز میان بازماندگان جنگ و علاقمندان به تاریخ دفاع مقدس به همین عنوان شناخته می‌شود. این مسجد با شماره ثبت 30000 به عنوان میراث معنوی در فهرست آثار ملی كشور به ثبت رسیده است.
مسجد جامع خرمشهر حالا سرش را بالا گرفته و داستان مبارزه‌اش با دشمن، در تاریخ ماندگار شده است. مردم شهر این مسجدش را دوست دارند و بانگ اذان از مناره‌‌های فیروزه‌ای بلند است.
