بعد از انقلاب اسلامی نیز حاج محمد در پادگان لاهوتی تهران و تحت نظر امیرعلی سادات طوسی دوره ویژه تکاوری کلاه‌سبزهای ارتش را گذراند و به‌جهت نبوغ و آمادگی بالا بعد از مدت کوتاهی به‌عنوان مدرس و مربی در این دوره‌ها حضور یافت. از دیگر مربیانی که سردار ناظری تحت نظرشان دوره تکاوری دید استاد کرمعلی شجاعی بود که استاد بین المللی به حساب آمده و به پاسداران صلح سازمان ملل نیز آموزش می‌داد.

اولین حضور جدی سردار ناظری در مناطق ناآرام به نخستین سالهای انقلاب و ایجاد ناآرامی توسط گروهک‌های ضدانقلاب برمی‌گردد. حاج محمد نیز در آن سالها در بسیاری از شهرهای ناآرام در دوران اوج اغتشاش حضور می‌یافت که از این، می‌توان به حضور و مبارزه علیه ضدانقلاب در غائله‌های گنبد، آمل و کردستان اشاره کرد.

با آغاز جنگ تحمیلی در سال 59 نیز حاج محمد بلافاصله به جبهه‌های حق علیه باطل شتافت و نخستین مأموریت او نیز شناسایی نیروهای دشمن در منطقه شوش دانیال بود که از قضا این عملیات شناسایی از یکی از قدرتمندترین و مجهزترین گردانهای رژیم بعث صورت پذیرفت. هرچه جنگ پیش می‌رفت ارزش نیروهای ویژه و جنگهای نامنظم بیشتر به چشم می‌آمد و حاج محمد نیز به‌عنوان یکی از نیروهای زبده این مدل جنگ در بسیاری از عملیات‌های چریکی و نامنظم حضور جدی داشت.

یکی از عملیاتی که تأثیر محسوسی در بالارفتن روحیه رزمندگان اسلام و تحقیر رژیم بعث داشت ماجرای پالایشگاه کرکوک و خانقین بود. چاه‌های نفت این دو شهر که از اهمیت خاصی برای رژیم بعث برخوردار بوده و حفاظت از این دو شهر به‌شدت مورد تأکید صدام ملعون بود، در همان دوران به خود دسته‌ای می‌بیند که لباس‌های محلی و الاغ خود را به آنجا می‌رسانند. این دسته، گروه حاج محمد ناظری بودند که با لباس مبدل خود را به منطقه کرک و خانقین رسانده و با انهدام پالایشگاه نفت آن دیار توانستند ضربه جدی به رژیم بعث وارد آورند.

حاج محمد ناظری در سالهای ابتدایی جنگ تحمیلی به‌عنوان مسئول دوره‌های آموزشی تکاوری و جنگهای نامنظم مشغول به فعالیت بوده و بسیاری از چهره‌های سرشناس و دلاورمردان جنگ تحمیلی که افتخار آفرینان سالهای خون و قیام بودند در آن سالها به‌عنوان شاگرد در دوره‌های آموزشی تحت اشراف حاج محمد حضور داشته‌اند؛ بزرگانی نظیر سردار شهید محمود کاوه و جاوید الاثر حاج احمد متوسلیان از این دسته بودند. سردار ناظری در سال 64 به عضویت نیروهای ویژه هوابرد سپاه پاسداران انقلاب اسلامی که تحت نظر نیروی زمینی بود در می‌آید و در آن زمان با حاج قاسم سلیمانی نیز روابط نزدیکی را داشته است.

برادر حاج محمد، یعنی تیمور ناظری نیز در جنگ تحمیلی به شهادت رسیده بود و مادر او نیز یکی از شهدای مظلوم فاجعه حج خونین سال 66 بود. بعد از پایان دفاع مقدس نیز سردار حاج محمد ناظری همچنان به مربی بودن خود ادامه می‌دهد و مسئول دوره‌های متعدد جنگهای نامنظم و چریکی بوده و نفرات زبده بسیاری را به‌عنوان چریک و تکاور به بدنه نیروهای نظامی کشور معرفی کرده است.

بعد از حمله آمریکا به افغانستان و عراق و پس از آنکه نیروهای نظامی غربی نظیر ناتو، ارتش‌های کشورهای اروپایی و به‌خصوص ارتش آمریکا در منطقه غرب آسیا حضور پررنگی پیدا کرده بودند، لازم بود تا نیروهای نظامی ایران حراست دقیق‌تر و گسترده‌تری از مرزهای خاکی و آبی کشور انجام دهند، از این جهت بود که اواخر سال 86 از طرف ستاد فرماندهی کل قوا نیروی دریایی سپاه مأمور شد تا یگان ویژه‌ای به‌منظور حضور فعالانه در برابر نیروهای بیگانه در خلیج فارس و آمادگی لازم برای عملیات در مواقع ضروری تشکیل دهد، و این چنین بود که یگان‌های ویژه جنگهای نامنظم نیروی دریایی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در خلیج فارس تشکیل شد و توانست تا حد بسیاری به موازنه قدرت حاضر در خلیج فارس منجر شود.

فرماندهی این یگان‌های ویژه به‌عهده سردار حاج محمد ناظری بود و او در جزیره فارور به تربیت نیرو و برگزاری دوره‌های تکاوری لازم برای مقابله با دشمن می‌پرداخت. مقابله جدی با دزدان دریایی سومالی، برقراری امنیت در منطقه استراتژیک خلیج فارس و حضور عزتمندانه در برابر نیروهای بیگانه در مواقع لازم، اتفاقاتی بود که با حضور نیروهای تحت اشراف سردار ناظری مانند یگان‌های تکاوری سیدالشهدا علیه السلام در خلیج فارس افتاد، اتفاقی که به‌نظر بسیاری از کارشناسان توانست ایران را قدرتمندترین کشور حاضر در خلیج فارس نماید.

در سالهای اخیر و بعد از ایجاد ناامنی در کشور سوریه و پس از آنکه نیروهای نظامی ایران نیز در این کشور حضور مستشاری به هم رساندند، بخشی از نیروهای تربیت‌شده توسط سردار ناظری به‌جهت آمادگی‌های بالا و تخصص در جنگهای نامنظم به سوریه اعزام شدند تا بتوانند از حریم عمه سادات دفاع نمایند و مفتخر به حضور به‌عنوان «مدافعان حرم» گردند. از شاگردان سردار ناظری که در دفاع از حرم حضرت زینب سلام الله علیها به افتخار شهادت نائل آمد می‌توان به شهید امیر سیاوشی اشاره کرد که در حومه جنوبی حلب و در دی ماه سال گذشته به شهادت رسید.

سردار محمد ناظری در سالهای گذشته و به‌واسطه حضور در مستند مسابقه فرمانده شبکه افق، مورد توجه مردم قرار گرفته بود و در سه فصل تولیدشده از این مستند مسابقه به‌عنوان فرمانده ارشد حضور داشت، برنامه‌ای که با وجود پخش در شبکه افق، با بینندگان بسیاری مواجه شد.

سردار محمد ناظری شب گذشته و بعد از انجام آموزش‌های روزمره در جزیره فارور خلیج فارس دچار ایست قلبی ناگهانی می‌شود و تلاش پزشکان برای احیای این رزمنده دلاور تا نیمه‌شب ادامه می‌یابد که متأسفانه به نتیجه نرسیده و نیمه‌شب گذشته سردار محمد ناظری بعد از عمری خدمت خالصانه و دلاورانه به سرزمین مقدس ایران همزمان با میلاد حضرت سیدالشهدا و قمر بنی‌هاشم علیهما السلام جان به جان‌آفرین تسلیم کرد.