اختلافات از آنجا آغاز شد كه در جريان اختلاف دولت و مجلس بر سر «قانون راهبردي لغو تحريم ها»، شورايعالي امنيت ملي بجاي جانبداري از دولت روحاني، طرف مجلس قالي باف را گرفت و در پاسخ به رئيس دفتر رئيس جمهور كه گفته بود "دبیرخانه شورايعالي چند کارمند هستند و هیچ شأنی [درخصوص مسائل هسته ای] ندارند"، با صدور بيانيه اي شديداللحن، اظهار داشت: «بدون شک اظهار نظرهای اخیر، مصالح ملی را قربانی منافع جناحی کرده و ضمن آن که هیچ‌گونه نفعی برای کشور نداشته، پیام و آدرس غلط به دشمنان منتقل می‌کند.»!

در جديدترين قسمت از اين اختلافات، علي شمخاني اخيراً طي گفتگويي با حمله مستقيم به دولت، تمام كاسه كوزه هاي بحران به وجود آمده پس از غائله گراني بنزين در ابان 98 را بر سر دولت بنفش شكست و بيان نمود: «در زمینه تعدیل قیمت حامل های انرژی، انتقادات جدی به نحوه اعلام، اجرا و مدیریت کاهش هزینه های اجرای طرح وجود دارد که موجب وارد شدن خسارت های قابل پیشگیری به کشور شد. در وقایع سال ۹۸ در کنار برخی ناهماهنگی های اجرایی و سوء مدیریت ها، باز هم ضعف در نحوه ارتباط با جامعه و اقناع مخاطبان خودش را نشان داد و بحران امنیتی جدي برای كشور ايجاد نمود.»

پس از اين سخنان غيرمنتظره شمخاني، رئيس دفتر روحاني مجدداً وارد گود شد و اظهار داشت: «رئیس دولت، رئیس شورای عالی امنیت ملی کشور است و دبیرخانه این شورا باید با رئیسش هماهنگ باشد. یک وقتی مصاحبه‌هایی صورت می‌گیرد که بجای اینکه فضا را آرام کند باعث بروز مشکلاتی می‌شود.»! در اين بين اما شمخاني هم ساكت نماند و در پاسخ به واعظي گفت: «بسیاری فکر می‌کنند شورای عالی امنیت ملی بخشی از دولت است اما صحیح نیست چون تصميمات شورا با تایید رهبری قابلیت اجرایی پیدا می کند.»

در پايان گفتني است، اگرچه شمخاني تا ساليان پيش از ياران غار و مهمترين حاميان حسن روحاني محسوب مي شد اما نحوه مواجهه اخير او با دولت نشان از اين حقيقت دارد كه با توجه به برخاستن بوي الرحمان اعتداليون، نامبرده نيز ترجيح داده است تا هرچه زودتر، راه خود را از اعتداليون جدا نموده و آينده سياسي خود را در اتحاد با مخالفان دولت پيگيري نمايد!